如何在R中处理矩阵中的因子

我正在用R调试其他人的代码。我在一个名为

seg

的矩阵中有数据，如下所示-

head（seg）

id | chr |开始|结束|测试|参考|位置| log2

102G.bam.vs.ref1.hits | 1 | 100350001 | 101250000 | 986 | 1933 | 100800000 |-0.179835 102G.bam.vs.ref1.hits | 1 | 100800001 | 101700000 | 1104 | 2113 | 101250000 |-0.145205 102G.bam.vs.ref1.hits | 1 | 101250001 | 102150000 | 1062 | 1874 | 101700000 |-0.0279899 102G.bam.vs.ref1.hits | 1 | 101700001 | 102600000 | 893 | 1610 | 102150000 |-0.0589814 102G.bam.vs.ref1.hits | 1 | 102150001 | 103050000 | 737 | 1394 | 102600000 |-0.128147

他在绘图中使用了

facet\u grid（id~chr）

，其中一个问题是染色体的顺序不正确，它们按字母顺序排列（这意味着染色体10-19出现在染色体2-9之前，依此类推），chr列的级别顺序错误。

级别（seg$chr）

[1] “1”“10”“11”“12”“13”“14”“15”“16”“17”“18”“19”“2”“20”“21”“22”“3”“4”

[18] “5”“6”“7”“8”“9”“M”“X”“Y”

我试图更改级别的顺序，但当我这样做时，数据也发生了变化，例如，如果我尝试此

levels（seg$chr）=c（22:1，“M”，“X”，“Y”）

head（seg）

id | chr |开始|结束|测试|参考|位置| log2

102G.bam.vs.ref1.hits | 22 | 100350001 | 101250000 | 986 | 1933 | 100800000 |-0.179835 102G.bam.vs.ref1.hits | 22 | 100800001 | 101700000 | 1104 | 2113 | 101250000 |-0.145205 102G.bam.vs.ref1.hits | 22 | 101250001 | 102150000 | 1062 | 1874 | 101700000 |-0.0279899 102G.bam.vs.ref1.hits | 22 | 101700001 | 102600000 | 893 | 1610 | 102150000 |-0.0589814 102G.bam.vs.ref1.hits | 22 | 102150001 | 103050000 | 737 | 1394 | 102600000 |-0.128147

例如，如果我使用

levels（seg$chr）=c（1:22，“M”，“X”，“Y”）

标签将是正确的，但来自第10号染色体的所有数据将涉及第2号染色体

我希望数据保持原样，只改变因子水平的顺序（图的顺序），我可能缺少一些关于如何处理因子的非常基本的东西

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谢谢

好吧，我找到了一种避免这种情况的方法，虽然不是很优雅，但它确实有效。 我没有像我那样直接改变因子水平，而是用相同的数据创建了一个新因子，并用它替换了前一个因子

而不是这个-

级别（seg$chr）=c（1:22，“M”，“X”，“Y”）

这改变了因素本身，也改变了数据。 我用过这个-

seg$chr=系数（seg$chr，级别=c（1:22，“M”，“X”，“Y”））

这创造了一个新的因素，使用相同的数据，只是这一次的水平是在赖特顺序

如果有更好的解决办法，我很高兴听到。 :) 谢谢