调整pvclust包制作的dendogram

我想改进我使用

pvclust

包制作的树状图。我无法看到大多数AU/BP标签，如图所示

你能帮我解决这个问题吗？。我想查看树状图的所有AU/BP标签

下面是一个可执行代码

谢谢大家!

library(rdist)
library(pvclust)
library(geosphere)

df<-structure(list(Latitude = c(-23.8, -23.8, -23.9, -23.9, -23.9,  -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, 
+ -23.9, -23.9, -23.9, -23.9, -23.9), Longitude = c(-49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6, -49.7, 
+ -49.7, -49.7, -49.7, -49.7, -49.6, -49.6, -49.6, -49.6), Waste = c(526, 350, 526, 469, 285, 175, 175, 350, 350, 175, 350, 175, 175, 364, 
+ 175, 175, 350, 45.5, 54.6)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -19L))

coordinates<-subset(df,select=c("Latitude","Longitude")) 
d<-as.dist(distm(coordinates[,2:1]))
mat <- as.matrix(d)
mat <- t(mat)
fit <- pvclust(mat, method.hclust="average", method.dist="euclidean", 
               nboot=1000, r=seq(0.9,1.4,by=.1))
fit
plot(fit,hang=-1,cex=.8,main="Average Linkage Clustering")
pvrect(fit, alpha=.80, pv="au", type="geq")

库（rdist）
图书馆（pvclust）
图书馆（地球圈）
df最简单的方法是更改绘图窗口的大小并增加
hang=
参数：

x11(width=12, height=8) # quartz(width=12, height=8) for mac or windows(width=12, height=8) for Windows
plot(fit,hang=.05,cex=.8,main="Average Linkage Clustering")
pvrect(fit, alpha=.80, pv="au", type="geq")


下面是一个有150个案例的示例（约为您现有325个案例的一半，但来自R中包含的数据集：

data(iris)
mat <- t(as.matrix(iris[, 1:4]))
fit <- pvclust(mat, method.hclust="average", method.dist="euclidean",
               nboot=1000, r=seq(0.9,1.4,by=.1))


pdf具有更好的分辨率，但文本中的重叠较少。另一种选择是减少标签：

plot(fit,hang=.05, cex=.5, cex.pv=.5, print.num=FALSE, print.pv=FALSE, 
     labels=FALSE, main="Average Linkage Clustering")
pvrect(fit, alpha=.80, pv="au", type="geq")

这只打印树状图而不进行任何标记，这样您就可以看到结构，但看不到细节。在某些情况下，数据代表多个组。
iris
数据包括三个物种。您可以通过更改为
labels=rep（1:3，每个=50）来仅标记物种
这样数字1、2、3就可以识别出这三个物种。
谢谢Carlson博士，你回答了我的问题。我会接受的。不过，我是按照你对我的数据说话的方式来做的，数据是325，而不是你在示例中所做的19（我只做了19，只是为了更容易执行）。它改进了图形，但有没有办法进一步改进呢？我在上面插入了图像，让您看看结果如何。如果您愿意，我可以将包含325个位置的数据库传递给您。包含325个位置，您必须决定要显示的重要内容。您的计算机显示器只有这么大，其分辨率低于纸张。为了获得更高的分辨率注意：您需要打印到一个文件，如
.pdf
或
svg
或
.tiff
。然后您可以减小字体大小。我将在上面添加一个示例来打印pdf以适合法定大小的纸张。另一种方法是打印较少的信息。从打印中删除文本的选项是
print.num=FALSE
，
print.pv=FALSE
，和
labels=FALSE
。非常感谢您的回答。我非常喜欢您在PDF中制作的图表，我可以很好地看到数字。我想做一些类似于您所做的事情。但是，我在我的情况下做了测试，它看起来仍然不太好。我可能遗漏了一些东西。如果它不令人不舒服，您可以用h此链接中的基础：这是我正在使用的数据库。如果您接受，在使用pvclust函数时，请使用nboot=5，因为使用nboot=1000花费的时间太长。再次感谢您。请尝试
pdf（file=“DendrogramANSI-D.pdf”，width=32，height=20）#ANSI D 22英寸x 34英寸。
这将太大，无法在大多数打印机上打印，但您可以放大计算机屏幕并读取数字。再次感谢dcarlson！您帮了我很多忙。
plot(fit,hang=.05, cex=.5, cex.pv=.5, print.num=FALSE, print.pv=FALSE, 
     labels=FALSE, main="Average Linkage Clustering")
pvrect(fit, alpha=.80, pv="au", type="geq")