如何使ggplot颜色更加清晰和色盲友好？ toLonger% pivot_更长（cols=！gene， 值_to=“表达式”， 名称至=“样本id”） 返回（表达式矩阵） } toLonger（dge_cpmlogtwo）%>% ggplot（aes（x=表达式，颜色=样本id））+ 几何密度（）+ 主题（axis.text.x=元素\文本（角度=90，hjust=1））

我想让最后第三行的颜色更加突出？我找到了这个回复，但无法理解如何将其应用到我的代码中

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最后，有没有办法确保我的绘图是色盲的？

关于色盲友好调色板，您可以参考以下两个链接来解决此问题：

我没有访问您的数据的权限，但您应该能够单击周围以找到您喜欢的调色板，并将其应用到您的ggplot中，并使用上面链接的信息，祝您好运

下面是一个如何将其应用于您的案例的示例：

toLonger（dge_cpmlogtwo）%>%
ggplot（aes（x=表达式，颜色=样本id））+
几何密度（）+
比例、颜色、制浆机（调色板=“BrBG”）+
主题（axis.text.x=元素\文本（角度=90，hjust=1））

另外，如何找到有问题的调色板代码也不是很清楚，例如

BrBG

，但有一种方法是这样的：

从colorbrewer2.org选择您喜欢的调色板

检查其包含的代码的URL

将此代码与

palete=

参数一起使用，例如

scale\u color\u brewer

，就像我上面所做的那样

看看这张图片，看看我的意思，我在上面的cookbook-r.com和colorbrewer2.org页面上打开了两个窗口。红色矩形高光由我添加：

针对各种类型色盲的包装和两种目标调色板。根据我对报告和应用程序（均为R）的经验，很难完全免疫，因为有些人是真正的色盲，仅调色板可能不够，在这种情况下，需要恢复为线型或诊断线/图案（填充）。你做多少取决于观众的实际需要。

toLonger <- function(expressionMatrix) {
    expressionMatrix <- longExpressionMatrix <- expressionMatrix %>% 
    as.data.frame() %>%
    rownames_to_column("gene") %>%
    pivot_longer(cols = !gene, 
                 values_to = "Expression",
                 names_to = "sample_id") 
  return(expressionMatrix)
}

toLonger(dge_cpmlogtwo)  %>% 
  ggplot(aes(x = Expression, color = sample_id)) +
  geom_density() +
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1))