无法从OpenSUSE Leap 15.2安装arm和lme4软件包

我正在使用

OpenSUSE-Leap 15.2

操作系统以及预装的

R v3.5.0

。除了

rstudio

，我不需要安装任何软件包

以下是安装详细信息：

> sessionInfo()

R version 3.5.0 (2018-04-23)
Platform: x86_64-suse-linux-gnu (64-bit)
Running under: openSUSE Leap 15.2

Matrix products: default
BLAS: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so
LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRlapack.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=fr_FR.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=fr_FR.UTF-8        LC_COLLATE=fr_FR.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=fr_FR.UTF-8    LC_MESSAGES=fr_FR.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=fr_FR.UTF-8       LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=fr_FR.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.0

我在安装分析所需的两个软件包时遇到困难：

arm

和

lme4

。我毫无问题地安装了我还需要的

ggplot2

软件包

无论是从RStudio图形界面还是从R命令行（在终端内），我都会收到大量无法解释的错误

我在法国尝试过各种回购协议，发行了同样的债券。请注意，这两个软件包在Windows 10操作系统上的安装情况良好

安装输出以以下内容结束：

ERROR: compilation failed for package ‘RcppEigen’
* removing ‘/home/thomas/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5/RcppEigen’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘RcppEigen’ had non-zero exit status
ERROR: dependency ‘latticeExtra’ is not available for package ‘Hmisc’
* removing ‘/home/thomas/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5/Hmisc’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘Hmisc’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘minqa’, ‘nloptr’, ‘statmod’, ‘RcppEigen’ are not available for package ‘lme4’
* removing ‘/home/thomas/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5/lme4’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘lme4’ had non-zero exit status
ERROR: dependencies ‘lme4’, ‘Hmisc’ are not available for package ‘arm’
* removing ‘/home/thomas/R/x86_64-suse-linux-gnu-library/3.5/arm’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘arm’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/Rtmp5c12rX/downloaded_packages’

我确实观察到了大量关于特征值的误差线，比如：

../inst/include/Eigen/src/Core/CoreEvaluators.h:665:8:   required from ‘struct Eigen::internal::evaluator<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, -1, 1, false> > >’
../inst/include/Eigen/src/Core/Redux.h:349:39:   required from ‘class Eigen::internal::redux_evaluator<Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, -1, 1, false> > >’
../inst/include/Eigen/src/Core/Redux.h:416:17:   required from ‘typename Eigen::internal::traits<T>::Scalar Eigen::DenseBase<Derived>::redux(const Func&) const [with BinaryOp = Eigen::internal::scalar_sum_op<double, double>; Derived = Eigen::CwiseBinaryOp<Eigen::internal::scalar_product_op<double, double>, const Eigen::Transpose<const Eigen::Block<const Eigen::Matrix<double, -1, -1>, 1, -1, false> >, const Eigen::Block<const Eigen::Transpose<const Eigen::Matrix<double, -1, -1> >, -1, 1, false> >; typename Eigen::internal::traits<T>::Scalar = double]’

---

根据我的经验，Unix上的这些错误通常源于缺少外部库。例如，安装R

xml2

软件包需要通过系统软件包管理器安装

libxml2 dev

，否则安装将失败

---

我不懂法语，但在我看来，由于缺少一个外部jpeg库，依赖项

jpeg

失败了，然后所有东西都从那里级联而来。您可以尝试安装某些版本的

libjpeg

库。我知道它是预装在Ubuntu中的，这可能就是为什么它对你有用的原因。我有点惊讶它没有安装在OpenSUSE中，但我没有OpenSUSE的经验。

来自lme4软件包页面：

The core computational algorithms are implemented using the 'Eigen' C++ library for numerical linear algebra and 'RcppEigen' "glue".

---

我猜你必须安装本征C++库，你可以找到方法。这更可能是因为rcppeigen无法安装。我会安装Eigen，然后安装rcppeigen和glue，然后尝试安装其他软件包，您会发现错误。

答案/评论中有很多好的建议，但即使遵循了所有建议，我还是遇到了更多的问题

以下是我在OpenSuse Leap 15.2 VM（）上成功安装lme4和arm for R v3.5.0的步骤：

• 下载并安装R（v3.5.0）和所需的编译相关软件

• 从下载latticeExtra（）的存档版本
• 打开R并安装软件包

• 要安装其他所需的软件包，请从中查找与Rv3.5.0兼容的存档版本，并在本地安装（例如，

  install.packages（“~Downloads/laticeextra_0.6-26.tar.gz”，repos=NULL）

  ）

---

一些评论：（1）这与lme4没有直接关系，我认为它是上游的（例如，

RcppEigen

）；（2） 如果在控制台中运行

install.packages（“RcppEigen”）

，是否会获得更完整的输出和/或指向错误日志的指针？（是否

find/tmp-mmin-5

找到任何有用的东西？）（3）这是一个非常古老的R版本；不幸的是，没有立即看到为OpenSUSE构建的最新RPM的源代码（有一个目录，但自述文件是空的，而且很旧；请参阅其他发行版的更完整选项），谢谢@BenBolker的帮助！

RcppEigen

程序包的安装也将中止。大量的错误消息看起来很像我在

arm

和

lme4

尝试时收到的错误消息。。。命令

find/tmp-mmin-5

以root用户身份运行返回一行：

/tmp

（？）。通过此命令安装

R v4.0.0

。同样的错误…我不太确定如何给你建议；我很想帮助您找到错误日志，但如果不（轻松地）在我的系统上使软件包安装失败，我很难记住/尝试。您是否安装了标准开发工具（

make

、

gcc

、

g++

等）？可能

sudozypper安装gcc-c++；sudo zypper in-t模式开发基础

？到目前为止有几件事：（1）要求您重新安装

Rcpp

；你试过了吗？（2） 请参阅@SamRogers关于缺少

libjpeg

的评论；（3） 您是否为您的系统安装了

gfortran

？好主意，但我认为这不对

RcppEigen

包含Eigen.True的相关位，但我不会将其放在其他库之前在系统上搜索Eigen，如果找不到，则中止安装。我希望他在某个地方丢失了一个CPP库，安装Eigen至少会给我们带来更多的启示这不是不可能的，但我对此表示怀疑。从我目前看到的情况来看，有几种更可能的拦截器：system

libjpeg

用于

jpeg

R包（阻止

arm

安装）和

gfortran

用于

minqa

R包（阻止

lme4

安装）。（远程系统管理员调试很有趣…）在gfortran上的赌注加倍，因为该库会导致大量R包错误（意味着过去的麻烦）。用户，给我们更多信息！谢谢大家的评论！最后，我从OpenSUSE 15.2（即R v3.5.0）的官方存储库中卸载并重新安装了R。我安装了

eigen3-devel

软件包，但该软件包没有安装（找不到@otsu建议的

eigen3

）。然后我重新启动了R并尝试重新安装

arm

。我得到以下错误：

。/libtool:line 1102:error:：command not found

。似乎安装了更多的R软件包，但仍然无法使用

arm

和

lme4

我确实需要…完美的解决方案。。。非常感谢！我只需要安装

ed

和

nlopt-devel

软件包，其他软件包已经在那里了。我找不到

gfortran

软件包，所以我保留了已安装的

libgfortran 4

。然后，R包的安装成功运行。刚刚收到Hmisc的警告，但这并没有禁用安装。我最终可以使用

library（）

函数在R中加载包！再次感谢，也感谢所有的朋友

The core computational algorithms are implemented using the 'Eigen' C++ library for numerical linear algebra and 'RcppEigen' "glue".

sudo zypper install R-core
sudo zypper install R-base
sudo zypper install gcc
sudo zypper install gcc-c++
sudo zypper install gfortran
sudo zypper install ed
sudo zypper install libtool
sudo zypper install nlopt-devel

install.packages("~Downloads/latticeExtra_0.6-26.tar.gz", repos = NULL)
install.packages("nloptr")
install.packages("Hmisc")
install.packages("lme4")
install.packages("arm")