相同功能名称：dplyr与其他软件包（如基因组范围、IRanges）之间可能存在冲突

关于dplyr，我有一个关于名称空间的简单问题

dplyr中的某些函数在其他软件包中具有相同的名称，如GenomicRanges，IRanges。如果我加载的包依赖于一个被dplyr屏蔽的函数，我怎么知道我的代码工作正常

举个例子,

library(DESeq2)

输出省略

library(dplyr)

正在附加包：“dplyr”

以下对象已从“包：范围”中屏蔽：

intersect, setdiff, union

collapse, desc, intersect, setdiff, union

以下对象已从“包：IRanges”屏蔽：

intersect, setdiff, union

collapse, desc, intersect, setdiff, union

以下对象已从“包：BioGenerics”中屏蔽：

intersect, setdiff, union

以下对象已从“package:stats”屏蔽：

filter, lag

以下对象已从“package:base”屏蔽：

intersect, setdiff, setequal, union

如果现在我使用函数名collapse，它将在dplyr中调用函数

我可以明确地使用IRanges：：collapse，但是，每次都这样做会很乏味。如果我只是盲目地使用collapse，R是否知道根据数据使用哪个collapse

此外，如果我以后根据IRanges中的collapse加载一个包，该包知道在哪里找到正确的函数来使用吗

有人能给我介绍一下这个话题吗

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谢谢。

谢谢，似乎没有一个简单的答案。看起来大多数基函数，特别是dplyr中的基函数，都被修改为S3方法，只需像正常情况一样调用基函数（例如

dplyr:：：union.default

），因此它们可以正常工作。我不认为使用与公共基函数同名的函数是一个好主意，但看起来hadley保留了完整的功能。我不能评论其他的软件包hanks@rawr，我会小心的。