HPC节点R在HPC节点上安装/寻找最新的R版本

我正在尝试使用高性能集群在本地目录上设置R的最新版本，这样当我提交作业时，我可以找到正确的库，这样分配的节点将使用最新的R版本

case $PATH in
*/usr/usc/R/3.3.2/bin*)
    ;;
*)  PATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin:$PATH
    ;;
esac

case "${LD_LIBRARY_PATH:-}" in
 */usr/usc/R/3.3.2/lib64/R/lib*)
     ;;
  *)  LD_LIBRARY_PATH=/usr/usc/R/3.3.2/lib6/R/lib${LD_LIBRARY_PATH:+:$LD_LIBRARY_PATH}
    ;;
esac

if [ -n "${MANPATH:-}" ]; then
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/share/man:$MANPATH
elif [ -x /usr/bin/manpath ]; then
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin/share/man:$(manpath)
else
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin/share/man
fi
export LD_LIBRARY_PATH MANPATH

在HPC中，我的本地/bin驱动器具有最新版本的R

但是，根据作业提交和节点分配的说明，我们应该使用setup.bash脚本，其版本仅限于R版本3.3.2（不是最新版本）

我查看了setup.bash文件，并对创建本地版本以设置R库的导出感兴趣，这样就可以使用最新的R版本设置节点

case $PATH in
*/usr/usc/R/3.3.2/bin*)
    ;;
*)  PATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin:$PATH
    ;;
esac

case "${LD_LIBRARY_PATH:-}" in
 */usr/usc/R/3.3.2/lib64/R/lib*)
     ;;
  *)  LD_LIBRARY_PATH=/usr/usc/R/3.3.2/lib6/R/lib${LD_LIBRARY_PATH:+:$LD_LIBRARY_PATH}
    ;;
esac

if [ -n "${MANPATH:-}" ]; then
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/share/man:$MANPATH
elif [ -x /usr/bin/manpath ]; then
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin/share/man:$(manpath)
else
MANPATH=/usr/usc/R/3.3.2/bin/share/man
fi
export LD_LIBRARY_PATH MANPATH

bsh脚本将R二进制别名设置为$PATH、$LD_LIBRARY_PATH和$MANPATH

我可以在本地目录上模拟这一点，并设置一个节点，以在HPC下使用更高版本的R吗

我不确定这是否是权限问题

我已经在本地HPC目录上编译了特定的R版本，并将提供源代码，但我的问题是HPC上是否允许这样做？

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~

设置脚本源代码后，只需覆盖设置即可。只要确保

export PATH=$WHERE_YOUR_R_IS/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=$WHERE_YOUR_R_IS/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

然后，只需运行您的R

$WHERE_YOUR_R_IS/bin/R

它应该做一件事

至于：

“我已经在本地HPC目录上编译了特定的R版本，并将提供该版本的源代码，但我的问题是HPC上是否允许这样做？”

---

如果您可以从属于HPC的所有节点访问您的目录，我在这里看不到任何问题。为什么要禁止呢？试一试。

在编写安装脚本的源代码后，只需覆盖设置即可。只要确保

export PATH=$WHERE_YOUR_R_IS/bin:${PATH}
export LD_LIBRARY_PATH=$WHERE_YOUR_R_IS/lib:${LD_LIBRARY_PATH}

然后，只需运行您的R

$WHERE_YOUR_R_IS/bin/R

它应该做一件事

至于：

“我已经在本地HPC目录上编译了特定的R版本，并将提供该版本的源代码，但我的问题是HPC上是否允许这样做？”

如果您可以从属于HPC的所有节点访问您的目录，我在这里看不到任何问题。为什么要禁止呢？试试看