NMDS显示和点符号问题(r中的素食者)
我已经成功制作了NMDS图(monoMDS、bray curtis、三维、本地模型)。每个点代表一种动物及其饮食组成 我有两个问题: (1) 如何更改点的符号以在NMDS绘图的1列(生命阶段)内显示2个级别(a或j) (2) 如何显示3D NMD,我无法让3D orgl函数在3D绘图上工作。我应该在2D中绘制一些显示不同尺寸的图吗?寻找深思熟虑的想法 使用的代码:NMDS显示和点符号问题(r中的素食者),r,statistics,vegan,mds,R,Statistics,Vegan,Mds,我已经成功制作了NMDS图(monoMDS、bray curtis、三维、本地模型)。每个点代表一种动物及其饮食组成 我有两个问题: (1) 如何更改点的符号以在NMDS绘图的1列(生命阶段)内显示2个级别(a或j) (2) 如何显示3D NMD,我无法让3D orgl函数在3D绘图上工作。我应该在2D中绘制一些显示不同尺寸的图吗?寻找深思熟虑的想法 使用的代码: plot((BC.NMDS.length.corr), choices = c(1, 2), type = "points"
plot((BC.NMDS.length.corr), choices = c(1, 2), type = "points",
xlim = c(-2.0, 2.0),las = 1, ylim = c(-1, 1),
xlab = "NMDS Axis 1", ylab = "NMDS Axis 2",mgp = c(3.25, 1, 0),
cex.lab = 1.35, cex.axis = 1.25)
with(DATA,
points(BC.NMDS.length.corr, Class, draw = "points",col = "gray0",
show.groups = "Adult",label = TRUE, lty = 1, lwd = 2))
在包的默认示例中使用您想要的示例:
# Load library
library(vegan)
# Load data
data(dune)
# Compute the distance
dis <- vegdist(dune)
此外,如果您想根据某个因素给绘图上色,可以指定
color=a
,其中a
是一个数字值,用于对组进行编码。您好,欢迎光临!你能写一个你正在使用的代码的例子吗?这将为我们提供更多信息,我们将更容易帮助您!因此,您对通过站点为您的个人上色感兴趣。对于此scatterplot3d(x=m$points[,1],y=m$points[,2],z=m$points[,3],col=factor(site,labels=c(1,2,3))
应在排序图中设置asp=1
(需要scatterplot3d版本0.3-40)。或者,您可以使用vegan3d软件包和ordiplot3d()
函数,该函数可以自动处理许多事情,包括纵横比和读取排序结果对象。
# Run monoMDS
m <- monoMDS(dis, model = "loc", k=3)
# The 3D representation
plot(m)
# Load library for 3D representation
library(scatterplot3d)
# Graphical representation
scatterplot3d(x=m$points[,1], y=m$points[,2], z=m$points[,3])