在R中，如何从我的系统发育树中给标签上色？（使用来自ape的BioNj）

所以我有一个数据集，看起来像这样：

Pos sample_1 sample_2 celltypeX_sample3 celltypeY_sample4 celltypeX_sample5
0     0        0              3                  0             1
2     2        1              3                  0             0
5     0        0              0                  0             1
6     1        0              0                  1             0
12    0        1              0                  1             1

根据该数据集，我可以用以下公式计算R中的相关矩阵和热图：

data = read.table(file = "fileNameX", row.names = 1, header = T, sep = "\t")
correlationData = cor(data)
heatmap(correlationData, cexRow = 0.25, cexCol = 0.25, symm = T)

在这之后，我想使用ape库的bionj功能建立一个系统发育树

arbol <- bionj(correlationData)

plot(arbol1, cex = 0.25, edge.width = 0.5)

有没有办法用这种方法给标签上色？ 因此，名称中没有celltype的所有内容（因此命名为sample_x）应具有相同的颜色，所有单元格类型应具有相同的颜色（因此命名为celltypeX_sampleY）

我希望我的问题是明确的，甚至有可能做到这一点

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指向的链接可以在plot.phylo函数中指定。bionj返回一个“phylo”类，当调用plot（arbol1，cex=0.25，edge.width=0.5）时，实际上使用的是plot.phylo。您可以键入？plot.phylo以查看选项

我没有您的数据，但下面我使用示例数据集添加颜色标签。。希望这是你想要的

library(ape)
data(woodmouse)
trw <- bionj(dist.dna(woodmouse))
# we label samples that have No120 as blue
# others orange
COLS = ifelse(grepl("No120",trw$tip.label),"blue","orange")
plot(trw,tip.color=COLS)

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这看起来和我想要的完全一样，但是你能解释一下你是如何得到COLS变量的吗？你知道我如何从我的示例专栏中提取这个吗？当然。你的bionj结果（我的案例trw，你的案例arbol）将有一个标签。您只需根据您的逻辑/选择指定一种颜色。在您的情况下，试试COLS=ifelse（grepl（“celltype”，arbol$tip.label），“blue”，“orange”）。非常接近！但是有可能添加多种颜色吗？因此，没有单元类型的所有单元类型的颜色都是相同的-->类似于ifelse（grepl（“sample”，arbol$tip.label），“blue”，“orange”），但所有独特单元类型的颜色都不同？因此，cell1_样本13和cell1_样本54的颜色相同，但cell2_样本14的颜色不同。对不起，如果我不清楚！我已经编辑了我的答案。将来，提供完整的csv文件或矩阵的txt文件。会更容易。我猜你的数据集太棒了！我只是看到错误太多了=p打字太快了

library(ape)
data(woodmouse)
trw <- bionj(dist.dna(woodmouse))
# we label samples that have No120 as blue
# others orange
COLS = ifelse(grepl("No120",trw$tip.label),"blue","orange")
plot(trw,tip.color=COLS)

# from https://www.r-bloggers.com/the-paul-tol-21-color-salute/
tol18rainbow=c("#771155", "#AA4488", "#CC99BB", "#114477", "#4477AA", "#77AADD", "#117777", "#44AAAA", "#77CCCC", "#777711", "#AAAA44", "#DDDD77", "#774411", "#AA7744", "#DDAA77", "#771122", "#AA4455", "#DD7788")
# I assume here, the word before the "_" tells us how to colour the label
TYPE = gsub("_[^ ]*","",arbol$tip.label)
# check the TYPE numbers are correct
col_assignment = tol18rainbow[1:length(unique(TYPE))]
names( col_assignment) = unique(TYPE)
COLS = col_assignment[TYPE]
# then pass COLS into your plot