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R:rJava包安装失败

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R:rJava包安装失败,r,rjava,R,Rjava,使用install.packages（“rJava”）命令安装rJava时，我遇到以下错误： checking Java support in R... present: interpreter : '/usr/bin/java' archiver : '/usr/bin/jar' compiler : '/usr/bin/javac' header prep.: '/usr/bin/javah' cpp flags : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.

使用
install.packages（“rJava”）
命令安装rJava时，我遇到以下错误：

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
我安装了Java JDK，并且
Java-version
返回以下内容：

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)
在谷歌搜索错误时，我发现其他人也有同样的问题，但除了我已经完成的“安装整个JDK，而不仅仅是JRE”之外，没有找到其他解决方案

我读到的另一件事是运行
sudo R CMD javareconf
，它运行得非常愉快，没有错误

知道我的问题是什么吗

[[编辑]]
我有这个问题已经好几个月了。我最初通过编辑Java路径解决了这个问题，如我在下面发布的答案所示。我最近在一次新的Ubuntu安装中遇到了同样的问题。我尝试了Dirk的建议，使用apt get安装rJava包。它工作得很好。我最初没有意识到的是，使用Ubuntu apt get方法安装软件包与在R中使用install.packages（）加载同一个软件包有根本的不同。Ubuntu软件包解决了一些我没有意识到或意识到的问题

原来我的问题是我的
JAVA\u HOME
环境变量的问题。是的，我知道。我对
PATH
和
JAVA\u HOME
的初始设置如下所示：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
我添加了
/jre
，现在看起来是这样的：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin
没有
/jre
，Java中的一切似乎都可以正常工作，但rJava却不行。奇怪

不会

apt-get install r-cran-rjava
比较容易吗？你可以在用户处问我！：）

在AMD64上的Gentoo下运行R。我升级到R2.12.0

R版本2.12.0（2010-10-15） 版权所有（C）2010统计计算基础 ISBN 3-900051-07-0 平台：x86_64-pc-linux-gnu（64位） 那些讨厌的信息就消失了

Jan Vandermeer

谢谢-您关于
$JAVA_HOME
的建议让我找到了类似的解决方案：

prompt$ unset JAVA_HOME
在调用R.

之前，我在Ubuntu 12.04和R版本3.0上使用了它

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include
这是包含jni.h的目录

接下来，创建一个指向另一个所需头文件的软链接（我懒得找出如何在下面的JAVA_CPPFLAGS选项中包含多个目录）：

最后

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include
我所做的是：

  • 在/etc/apt/sources.list中，添加：

    德布希德大街

    • 注：rjava应为最新版本

    2运行： 更新源 sudo apt get安装r-cran-rjava

    一旦更新了rjava的旧版本，就可以安装rhdfs_1.0.8。

    我尝试安装openjdk-7-*但在安装rjava时仍然遇到问题。结果是，在我重新启动电脑后，就完全没有问题了

    所以

    我遇到了同样的问题，在运行下面的命令之后，它就工作了

    export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf
    详情请参阅
    下面是我在另一篇帖子上的一个答案-
    （这也与这个问题有关）

    对于Linux（Ubuntu）用户：如果您已安装。它将在这个位置
    /usr/lib/jvm
    ，需要访问
    sudo

    使用以下条目创建文件
    /etc/ld.so.conf.d/java.conf
    ：

    /usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server
    （根据您的java版本，将java-8-oracle替换为java-7-oracle）

    然后：

    重新启动RStudio，然后安装rJava软件包。

    我在Ubuntu 16.04上遇到过类似的问题，通过在
    /usr/lib/jvm
    中创建一个名为“default java”的文件夹，并将
    /usr/lib/jvm/java-8-oracle
    的所有内容复制到该文件夹中，我就能够解决这个问题。我选择了这个解决方案，因为更正JAVA_HOME环境变量没有任何用处。

    我通过下载并运行命令R CMD install rJava_0.9-8.tar.gz来实现它。rJava包查找
    /usr/lib/jvm/default JAVA/
    文件夹。但它不能作为默认值使用。此文件夹具有为系统配置的默认java的符号链接

    要激活默认java，请安装以下软件包：

    sudo-apt-get-install-default-jre-default-jre-headless

    在Ubuntu17.04上用CranR3.4.1进行测试，对我来说有效的是将JAVA_从文件
    /usr/lib/R/etc/javaconf

    我首先检查了启用Java的版本：
    sudo更新替代方案--config Java
    。 在我的例子中，它是
    java-8-oracle

    我打开了文件
    /usr/lib/R/etc/javaconf
    ，并用
    java-8-oracle
    替换了
    default java
    ：

    ${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}
    替换为：

    ${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}
    然后
    sudo R CMD javareconf

    我重新启动了RStudio，然后可以安装rJava。

    问题是rJava不会安装在
    RStudio
    （
    Version 1.0.136
    ）。以下内容对我有用（
    macOS Sierra 10.12.6版
    ）（已找到）：

    步骤1：从下载并安装
    javaforosx.dmg

    步骤2：接下来，从RStudio内部运行命令：

    install.packages("rJava", type = 'source')
    这就是我的工作方式：

    在Linux中（Ubuntu 16.04） 在R中：
    我在使用Windows10时也遇到了同样的问题。我已使用以下步骤解决了问题

  • 从64位windows下载Java\n安装它
  • 从for 64位windows下载Java开发工具包\安装
  • 然后右键单击桌面\Properties\Advanced system settings\Advanced\Environment Variables\中的“This PC”图标，在系统变量下选择路径\单击编辑\单击新建\复制并粘贴路径“C:\Program Files\Java\jdk1.8.0\U 201\bin”和“C:\Program Files\Java\jre1.8.0\U 201\bin”（不带引号）\OK\OK\OK
    • 注意：jdk1.8.0_201和jre1.8.0_201将根据Java开发工具包和Java的版本进行更改

  • 在环境变量窗口中，转到用户的用户变量\单击新建\将变量名设置为“JAVA\U HOME”，将变量值设置为“C:\Program Files\JAVA\jdk1.8.0\U 201\bin”\按确定
    • 检查 
    install.packages("rJava", type = 'source')

    sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

    install.packages("rJava")

    Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

    local/jdk-openjdk 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 development kit
local/jre-openjdk 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 full runtime environment
local/jre-openjdk-headless 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 headless runtime environment
local/openjdk-src 14.0.2.u12-1
    OpenJDK Java 14 sources