R 系统发育祖先重建：指定单向性状状态变化模型[ape][phytools]

假设我有一个系统发育树和一些特征数据。我知道有一个字符是单向的：从0到1的转换速率是正的，但是从1到0的转换速率是零（例如，0是二倍体，1是多倍体）。假设我想重建我的树的祖先。我知道我可以使用Ape包中的Ace，或者phytools包中的make.simmap来进行祖先重建，但我不知道如何指定单向角色更改的模型

例如：

require(ape)
require(phytools)

# Generate example tree
set.seed(100)
tree<-rtree(10, rooted=T, tip.label=letters[1:10])
# Example characters
characters<-sample(0:1, 10, replace=T)
names(characters)<-letters[1:10]

# Equal-rates model
mod=matrix(c(0,1,1,0),2)
simmap<-make.simmap(tree, characters, model=mod)
plotSimmap(simmap) # Works fine


# My attempt at a unidirectional model: rate of change from 1 to 0 set to zero
mod = matrix(c(0,0,1,0),2)
simmap<-make.simmap(tree, characters, model=mod) # Gives me error; Error in eigen(mat) : infinite or missing values in 'x'

require（ape）
需要（植物醇）
#生成示例树
种子集（100）
tree使用R版本3.1.2（2014-10-31）——Windows下的“南瓜头盔”，以及新安装的ape和phytools版本，您上面的代码对我来说运行良好。make.simmap帮助文档讨论了以前版本中的一些错误

mod = matrix(c(0,0,1,0),2)
simmap<-make.simmap(tree, characters, model=mod)
make.simmap is sampling character histories conditioned on the transition matrix
#Q =
#           0         1
#0 -0.8271365 0.8271365
#1  0.0000000 0.0000000
#(estimated using likelihood);
#and (mean) root node prior probabilities
#pi =
#  0   1 
#0.5 0.5 
#Done.

mod=矩阵（c（0,0,1,0），2）
SimmapThank，我正在使用Linux和新安装的ape和phytools版本，它似乎不适合我。我使用了使用1e-10而不是0的变通方法，这是一种草率的方法，但可以完成工作。我会再胡闹一点，看看我是否能让它正常工作。我只是在Debian Wheezy下安装了ape和phytools（使用R 3.1.2 x86_64中的install.packages），你的代码对我来说又很好。嗯