Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/2/ionic-framework/2.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
将SingleR标签应用于Seurat对象_R_Singler - Fatal编程技术网

将SingleR标签应用于Seurat对象

将SingleR标签应用于Seurat对象,r,singler,R,Singler,我目前正在尝试使用SingleR包中的数据集对单细胞实验Seurat对象中的细胞进行注释。我想将从SingleR分析获得的标签转移到我的Seurat对象,然后创建UMAP或tSNE。我是R新手,所以编写代码来实现这一点并不是最直观的。有人介意帮忙吗 仅供参考:我使用的是最新版本的SingleR,它不再具有CreateSinglerObject函数: 以下是我的代码: library(SingleR) AACtrlRDS <- readRDS("E:/011120 Analysis.rds

我目前正在尝试使用SingleR包中的数据集对单细胞实验Seurat对象中的细胞进行注释。我想将从SingleR分析获得的标签转移到我的Seurat对象,然后创建UMAP或tSNE。我是R新手,所以编写代码来实现这一点并不是最直观的。有人介意帮忙吗

仅供参考:我使用的是最新版本的SingleR,它不再具有CreateSinglerObject函数:

以下是我的代码:

library(SingleR)

AACtrlRDS <- readRDS("E:/011120 Analysis.rds")
immgen <- ImmGenData()
CD45 <- GetAssayData(Ctrl_AA.combined_umap)
immannot <- SingleR(test = CD45, ref = immgen, labels = immgen$label.main)

table(immannot$labels)
库(SingleR)

AACTRLDS听起来很相似,它有帮助吗?这非常有用。非常感谢你!