将SingleR标签应用于Seurat对象
我目前正在尝试使用SingleR包中的数据集对单细胞实验Seurat对象中的细胞进行注释。我想将从SingleR分析获得的标签转移到我的Seurat对象,然后创建UMAP或tSNE。我是R新手,所以编写代码来实现这一点并不是最直观的。有人介意帮忙吗 仅供参考:我使用的是最新版本的SingleR,它不再具有CreateSinglerObject函数: 以下是我的代码:将SingleR标签应用于Seurat对象,r,singler,R,Singler,我目前正在尝试使用SingleR包中的数据集对单细胞实验Seurat对象中的细胞进行注释。我想将从SingleR分析获得的标签转移到我的Seurat对象,然后创建UMAP或tSNE。我是R新手,所以编写代码来实现这一点并不是最直观的。有人介意帮忙吗 仅供参考:我使用的是最新版本的SingleR,它不再具有CreateSinglerObject函数: 以下是我的代码: library(SingleR) AACtrlRDS <- readRDS("E:/011120 Analysis.rds
library(SingleR)
AACtrlRDS <- readRDS("E:/011120 Analysis.rds")
immgen <- ImmGenData()
CD45 <- GetAssayData(Ctrl_AA.combined_umap)
immannot <- SingleR(test = CD45, ref = immgen, labels = immgen$label.main)
table(immannot$labels)
库(SingleR)
AACTRLDS听起来很相似,它有帮助吗?这非常有用。非常感谢你!