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从github存储库安装开发版本R包时如何指定lib目录

r git

从github存储库安装开发版本R包时如何指定lib目录,r,git,rstudio,devtools,R,Git,Rstudio,Devtools,在Ubuntu中，我通过在install.packages（）中指定lib选项来安装目录/usr/lib/R/site library中的所有R包 但是，当我尝试使用，install\u github（）安装R软件包的开发版本时，它总是安装在系统用户的本地存储库中 .libPaths（）有4个目录，包括本地存储库。我有两个问题 如果我从.libpath（）中删除本地存储库，它会安装在其他3个存储库中的任何一个吗 有没有办法在install\u github（）中指定安装库路径 我使用的是ubun

在Ubuntu中，我通过在
install.packages（）
中指定
lib
选项来安装目录
/usr/lib/R/site library
中的所有R包

但是，当我尝试使用，
install\u github（）
安装R软件包的开发版本时，它总是安装在系统用户的本地存储库中

.libPaths（）
有4个目录，包括本地存储库。我有两个问题

  • 如果我从
    .libpath（）
    中删除本地存储库，它会安装在其他3个存储库中的任何一个吗

  • 有没有办法在
    install\u github（）
    中指定安装库路径

    • 我使用的是
    ubuntu12.0464位
    和
    r3.0.1

    ----------------------更新--------------------------------

  • 无法从
    .libpath（）

  • 如果我尝试在RStudio中使用
    install\u github（）
    进行安装，它将安装在
    本地存储库中，因为未指定
    lib
  • 如果我尝试以非root用户身份使用
    install\u github（）
    进行安装，它将安装在
    本地存储库中，因为未指定
    lib
  • 如果我尝试以root用户身份使用
    install\u github（）
    进行安装，它将安装在
    /usr/local/lib/R/site库中，因为未指定
    lib
    • 是否有指定安装库的方法？

    install\u github
    接受传递给
    devtools:：install
    的
    ..
    参数
    devtools:：install
    有一个
    args
    参数

    args
    要传递给R CMD install的附加命令行参数的可选字符向量。这默认为选项“devtools.install.args”的值

    R CMD install
    接受库参数

     Options:
  -h, --help            print short help message and exit
  -v, --version         print INSTALL version info and exit
  -c, --clean           remove files created during installation
      --preclean        remove files created during a previous run
  -d, --debug           turn on debugging messages
                        and build a debug DLL
  -l, --library=LIB     install packages to library tree LIB
    因此，以下措施应该有效：

    devtools::install_github("repo", args = c('--library="./mypath/gdfgdg/"'))
    但是，它似乎没有取代对
    R CMD install

    "C:/PROGRA~1/R/R-31~1.0/bin/x64/R" --vanilla CMD INSTALL  \
  "C:\Users\john\AppData\Local\Temp\RtmpucrXMD/RSelenium_1.3.2.tar.gz"  \
  --library="C:/Users/john/Documents/R/win-library/3.1" --install-tests  \
  --library="C:/Users/john/Desktop/"
    这更像是一种变通方法，但我找到了一种使用命令行版本的R

    从Ubuntu开始：

    sudo-ir

    我发现的诀窍是使用
    -I
    选项

    然后从R：

    .libpath（）

    我的本地R目录没有出现；默认目录是我想要的目录

    然后，我
    install.packages（）
    或
    install\u github（）
    
希望这有帮助
    

    Ian
    要在
    devtools
    中添加指定的库路径，我们需要将
    与\u libpath（）一起使用
    

    with_libpaths（）
    的参数是，
    with_libpaths（new，code）
    
下面是将
    与_libpath（）一起使用的示例
    
提供：哈德利，：）
    
除了使用_libpaths（）
    的
    ，在
    devtools:：with _something（）
    

    更多解释
    @ManojG您是否检查过这是否有效。它似乎对我的设置很有用。我测试过了。我得到的结果和你的答案一样。但它仍然没有安装在指定的目录中，而是安装在本地目录中。请尝试
    args='-l./mypath/gdfgdg/“
    并查看它是否有任何区别这不起作用，但是
    with_libpath（）
    的答案对我有效。@lanLyttle:谢谢。但是它仍然只从
    .libPaths（）
    中删除本地目录，并且不再有3个目录。与以root用户身份运行R相同。
    devtools:：with_libpath（）
    不推荐使用。使用
    with r:：with_libpath（）
    。请参阅
    帮助（“devtools已弃用”）
    。这给了我
    安装：无法创建常规文件'/usr/lib64/R/lib/libs3.so.2.0'：权限被拒绝make[1]：***[install]错误1 make[1]：离开目录
    /mnt/tmp/RtmpShKPQi/devtools15aa419a91f09/AnalyticalFlavorSystems-RS3-536f287/src/libs3'make**[libs3.so]错误2错误：程序包“RS3”的编译失败*删除“/home/hadoop/git/threat-odin/lib/R/RS3”错误：命令失败（1）`

    library(devtools)
with_libpaths(new = "/usr/lib/R/site-library/", install_github('rCharts', 'ramnathv'))

    

    in_dir: working directory
with_collate: collation order
with_envvar: environmental variables
with_libpaths: library paths, replacing current libpaths
with_lib: library paths, prepending to current libpaths
with_locale: any locale setting
with_options: options
with_path: PATH environment variable
with_par: graphics parameters