使用Emacs/ESS用R构建统计分析

我正在寻找一种方法来构建我的统计分析。我目前使用的是Emacs/ESS，分析文件很长。我已经开始将部分代码放入单独文件中的可源代码函数中，但仍然

我想在文件中介绍一些副标题/章节标题（聚合、聚类分析、模拟等等），并在下面编写代码，这样我就可以快速跳转到我想处理的章节

我想我可以使用评论并搜索它们，但我无法通过这种方式获得概述或索引。我还考虑过在标题中使用组织模式，但对于与另一个编辑器一起工作的协作者来说，这不是很方便

我知道R-Studio是通过节来实现的，所以会有一个针对emacs的解决方案，对吗

多谢各位

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PS：类似imenu的东西可以工作，但这只是用于函数，而不是用于部分。一般来说，我使用组织模式和组织巴贝尔，但是当我必须与其他人共享脚本时，我在

.emacs

中有以下内容：

(defgroup ess-jb-faces nil
  "Faces used by cutomized ess-mode"
  :group 'faces)

(defface ess-jb-comment-face
  '((t (:background "cornsilk" 
    :foreground "DimGrey"
    :inherit font-lock-comment-face)))
  "Face used to highlight comments."
  :group 'ess-jb-faces)

(defface ess-jb-comment-bold-face
  '((t (:weight bold
    :inherit ess-jb-comment-face)))
  "Face used to highlight bold in comments."
  :group 'ess-jb-faces)

(defface ess-jb-h1-face
  '((t (:height 1.6 
    :weight bold 
    :foreground "MediumBlue"
    :inherit ess-jb-comment-face)))
  "Face used to highlight h1 headers."
  :group 'ess-jb-faces)

(defface ess-jb-h2-face
  '((t (:height 1.2 
    :weight bold 
    :foreground "DarkViolet"
    :inherit ess-jb-comment-face)))
  "Face used to highlight h2 headers."
  :group 'ess-jb-faces)

(defface ess-jb-h3-face
  '((t (:height 1.0 
    :weight bold 
    :foreground "DarkViolet"
    :inherit ess-jb-comment-face)))
  "Face used to highlight h3 headers."
  :group 'ess-jb-faces)

(defface ess-jb-hide-face
  '((t (:foreground "white"
    :background "white"
    :inherit ess-jb-comment-face)))
  "Face used to hide characters."
  :group 'ess-jb-faces)

(font-lock-add-keywords 'ess-mode
   '(("^###\\(#\\)\\([^#].*\\)$" (1 'ess-jb-hide-face t)(2 'ess-jb-h1-face t))
     ("^###\\(##\\)\\([^#].*\\)$" (1 'ess-jb-hide-face t)(2 'ess-jb-h2-face t))
     ("^###\\(###\\)\\([^#].*\\)$" (1 'ess-jb-hide-face t)(2 'ess-jb-h3-face t))
     ("^###\\( .*\\|$\\)" 1 'ess-jb-comment-face t)
     ("^###" "\\*.*?\\*" nil nil (0 'ess-jb-comment-bold-face append))
     ))

这样，行首带有

#####

的任何注释都将格式化为“标题1”。任何带有

#####

的注释都被格式化为“header 2”等格式，以

###

开头的行被视为带有特殊字体锁的注释（用于长注释）

这可以给出如下结果：

这是一个相当粗糙的方法，但是它的优点是它只使用标准的R注释，因此可以与其他人共享而没有问题。一般来说，我对“标题1”使用以下内容：其他人看到它如下，而我喜欢我定义的字体锁定：

############################################
#### HEADER 1
############################################

使用此语法，您还可以使用以下命令在前面定义的部分上激活

大纲次要模式

，并能够折叠/展开它们：

(add-hook 'ess-mode-hook
      '(lambda ()
         (auto-complete-mode nil)
         (outline-minor-mode 1)
         (setq outline-regexp "\\(^#\\{4,6\\}\\)\\|\\(^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{\\)")
         (setq outline-heading-alist
           '(("####" . 1) ("#####" . 2) ("######" . 3)
             ("^[a-zA-Z0-9_\.]+ ?<- ?function(.*{" .4)))))

（添加hook'ess模式hook
"(lambda)
（自动完成模式无）
（大纲小调模式1）
（setq outline regexp“\\（^ 4,6\\\）\\\\\\\\\\\\\\\（^[a-zA-Z0-9\.]+？听起来你有一个大的分析脚本。这不是很理想

考虑使用RMarkdown或swave重新创建它，并使用
knitr
运行它。然后，您可以使用emacs的工具导航markdown或TeX，并且可以使用
knitr
中的缓存系统，以避免在接近结束时更改某些内容时从一开始就必须进行分析

如果需要，还可以从分析中获得格式化的报告

此外，将内容拆分为单独的文件进行资源寻源有点不太理想-编写函数并将其放入包中要好得多-并且使用
devtools
包使其工作变得非常简单。只需编辑.R文件并
load\u all
更新它（过去没有复杂的包构建内容）

大获全胜。
最近（2013年2月）添加到Orgmode意味着您现在应该能够在源代码中嵌入组织标题，然后使用orgstruct模式浏览它们。因此，通过git升级您的组织模式，然后尝试打开下面的示例R文件。当您位于嵌入组织标题的注释行上时，只需点击TAB或shift TAB，您应该组织模式标题

### * Create data
data = list( s1=list(x=1:3, y=3:1), 
     s2=list(x=1:5, y=1:5), s3=list(x=1:4, y=rep(3,4)))

### * Base graphics version


par(mfrow=c(2,2))
lapply(data, plot)

### * Lattice version

nplots <- length(data)
pts.per.plot <- sapply(data, function(l) length(l$x))
df <- data.frame(which=rep(1:nplots, times=pts.per.plot),
                 x=unlist(sapply(data, function(l) l$x)),
                 y=unlist(sapply(data, function(l) l$y)))

xyplot(y~x|which, data=df, layout=c(2,2))

### ** Make the pdf
pdf(file='o.pdf')
xyplot(y~x|which, data=df, layout=c(2,1))                 
dev.off()

### * End of file

### Local Variables:
### eval: (orgstruct-mode 1)
### orgstruct-heading-prefix-regexp: "### "
### End:

创建数据
数据=列表（s1=列表（x=1:3，y=3:1），
s2=列表（x=1:5，y=1:5），s3=列表（x=1:4，y=rep（3,4）））
###*基本图形版本
par（mfrow=c（2,2））
lappy（数据、绘图）
###*格子版
nplots提供R+降价、R+brew、R+cpp和其他功能。它仍处于开发的早期阶段，似乎只在最近的emacs（24.3）上可靠地工作。
另一个选项是allout模式，多年来我一直很满意。使用每个文件的局部变量：

## Local variables:
## allout-layout: (-1 : 0)
## End:

与上面提到的orgstruct模式类似，您也可以使用new，它与outline次要模式一起工作，将带有星号的注释解释为类似于组织模式的标题。它们可以使用简单的快捷方式（如TAB等）折叠/展开/添加/等。
使用Rmarkdown的一个问题是它不是（还没有）Emacs/ESS.Hm中真的支持-只是尝试了一下，但什么都没有发生？版本：组织模式版本7.9.3e（7.9.3e-1123-g33d362@/home/rkrug/.Emacs.d/Org-mode/lisp/）。我应该在组织邮件列表上询问吗？这对我来说很有用，而且非常方便，但是标题没有用特定的字体显示。你知道有没有这样做的选项吗？我没有看到orgstruct内置的任何东西可以执行额外的字体锁定，但是这里的另一个带有字体锁定的示例可以调整为突出显示t他说。哇，这太神奇了。有可能根据层次结构改变颜色吗？我花了一段时间才真正尝试你的建议。但我最近做了，字体锁定正在工作。但我使用了一个黑色主题（“zenburn”）对于emacs，字体锁定的标题现在有白色背景，这对眼睛来说有点难。从你的屏幕截图来看，似乎你已经解决了这个问题。我设法改变了隐藏背景的颜色，以颜色匹配我的主题。对于Emacc，现在字体锁定的头条标题现在有白色背景，现在是白色背景，这对眼睛来说有点难。从看你的屏幕截图来看，似乎你已经解决了这个问题。不知不知怎么了。我设法改变了隐藏背景背景背景背景背景的颜色，以颜色匹配颜色匹配我的颜色匹配我的主题匹配我的主题。现在，字体锁定的字体锁定的背景，现在，字体锁定的字体锁定的背景是白色背景，现在，现在，字体锁定的背景是白色背景，现在是白色背景，现在，这是白色背景，现在，这是白色背景，这是白色背景，这是白色背景，这对眼睛的眼睛的眼睛的眼睛有点困难。这对眼睛来说有点困难。这对眼睛来说有点困难。这是眼睛有点困难。这是眼睛有点##***，这样我就可以轻松地使用orgstruct模式。正则表达式有什么帮助吗？我尝试了以下方法：“（“^#####（*\）\（[^#].*）$”（1'ess jb隐藏面t）（2'ess-jb-h1-face t））@stats hb可能类似于此（未测试）：
“^#######（\*\）\ \（[^*\）\）\（[^*\）\）\”