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同时运行R标记（check.Rmd）和R knitr（test.Rnw）文件

r markdown

同时运行R标记（check.Rmd）和R knitr（test.Rnw）文件,r,markdown,knitr,r-markdown,R,Markdown,Knitr,R Markdown,我有以下问题；有两个大文档，一个写在R Markdown（check.Rmd）中，另一个写在R knitr（test.Rnw）中。在第一个文档中，我们有如下代码： \section{Organisations Test} \textbf{Running Organisations Checks} <<CreateOrganisations, echo=FALSE, progress=TRUE, warning=FALSE, eval=TRUE>>= source("O

我有以下问题；有两个大文档，一个写在
R Markdown
（check.Rmd）中，另一个写在
R knitr
（test.Rnw）中。在第一个文档中，我们有如下代码：

\section{Organisations Test}

\textbf{Running Organisations Checks}

<<CreateOrganisations, echo=FALSE, progress=TRUE, warning=FALSE, eval=TRUE>>=
source("OrganisationsTest.R")
OrganisationsTest(current_schema,server,user,pass)

@

\section{Test}
\textbf{运行组织检查}
=
来源（“组织标准”）
OrganizationStest（当前_架构、服务器、用户、通行证）
@
另一种情况如下：

  2. check the downwards shock
```{r chunk_Int_Sh_p2,  echo=FALSE}
unique(param.int.shock.tab[SHOCKTYPE=="SHOCK_DOWN"&PERIODEND<21|PERIODEND==90, list( Maturity=PERIODEND, Shock_value=100*SHOCKVALUE)])
``` 

2。检查向下冲击
```{r chunk_Int_Sh_p2，echo=FALSE}
独特（param.int.shock.tab[SHOCKTYPE==“shock_DOWN”&periondendRStudio按钮“Compile PDF”（用于RNW文档）和“Knit PDF”（用于RMD文档）非常方便，但在类似这种情况下，了解它们的功能非常重要，以便重现相同或类似的行为

总结问题，它需要一种将两个文件（RMD和RNW文档）转换为PDF的方法，最好使用上面提到的两个按钮

不幸的是，（据我所知）不可能在RStudio GUI中添加任何用户定义的按钮。但是编写一个R脚本来编译这两个文档是很简单的

在下文中，我假设有两个文件：


    

  • first.Rmd
    ：
    

    This is a RMD file.

```{r, echo=FALSE}
plot(1)
```

    

    • 

  • second.Rnw
    ：
    

    \documentclass{article}
\begin{document}

This is a RNW file.

<<>>=
plot(1)
@
\end{document}

    

    knit
    调用从
    first.Rmd
    生成
    first.md
    ，在块中执行R代码。
    render
    将生成的标记文件转换为PDF。[注意底部的附录！]
    
要将
    first.Rnw
    编译为PDF，我们只需使用
    knit2pdf
    ：
    

    knit2pdf("second.Rnw")

    
将这两个代码段复制到一个R脚本中并单击“源代码”尽可能接近“一键解决方案”
    
但是，请注意，代码片段的功能与“Compile/knit PDF”按钮非常相似，但并不完全相同。“Compile”按钮启动新的R会话，而上述解决方案使用当前会话
    

      

    • 在执行代码段之前，请确保使用正确的工作目录
      • 

    • 默认情况下，
      knit
      和
      knit2pdf
      都使用
      envir=parent.frame（）
      。这意味着在调用环境中执行分块的R代码（请参阅）。这可能是一个有用的功能，例如“传递”变量转换为块，但了解它很重要。否则，文档可能在一个会话（调用环境中存在某些变量）中编译良好，但无法在另一个会话中编译（缺少这些变量）。因此，此功能在再现性方面有点危险。作为解决方案，可以使用
      envir=new.env（parent=As.environment（2））
      ；有关该主题的更多详细信息，请参阅
      • 

    

    
我刚刚意识到以下关于
    渲染
    ：
    
如果输入需要编织，则在
    pandoc
    之前调用
    knit
    
（来源：
    ？渲染
    ）
    

    因此，
    knit（input=“first.Rmd”）；render（input=“first.md”，output\u format=“pdf\u document”）
    可以简化为
    render（input=“first.Rmd”，output\u format=“pdf\u document”）
    。上面的
    envir
    问题
    knit
    也适用于
    render
    。
    尝试使用类似
    \input{check.Rmd}的latex
    input
    命令
    在test.Rnw中。你知道函数
    knit
    和
    knit2pdf
    吗？我在理解你在做什么时有些困难，但听起来你只需要一个调用这些函数（或类似函数）的R脚本函数。原则上，它如下：如果您要编译knitr文件，我们有2个文件，您将在RStudio中使用
    compilePDF
    bottom，对于标记文件，您可以在RStudio中使用
    KnitPDF
    bottom，但我们希望将这两个文件放在一起，并在底部单击。这是怎么可能的？上面的键入：“…要将
    first.Rnw
    编译成PDF，我们可以简单地使用…”应该是“…要将
    second.Rnw
    编译成PDF，我们可以简单地使用…”。顺便感谢您的回答。

    knit2pdf("second.Rnw")