kableExtra在[R]的突然倒塌

我可能应该指出，我对使用

RMarkdown

和

kableExtra

R软件包还是相当陌生的，但我有一个上周可以编织的文档，尽管文档没有任何物理更改，但现在不再编织了。我收到的错误消息如下

save_kable_latex（x，file，latex_header_includes，keep_tex）中出错：尝试使用magick读取生成的PDF文件时出错。您可以检查magick安装并尝试使用magick:：image_read手动读取PDF文件。也有可能您没有安装ghostscript。呼叫…->图像->保存->保存已停止执行

通过重新安装

magick

R软件包，安装ghostscript（通过自制），我已经尝试了我能想到的一切

下面给出的代码块似乎是出现问题的地方，

tab2

是一个数据帧，其某些元素是一个乳胶表达式，如

“\\sum\u x f（x）*\\left（pe（x）-lcl（x）\\ right）”

稍后使用新幻灯片上的

include_graphics（）

功能打印到PDF

任何帮助将不胜感激，因为这是一个工作介绍

编辑#1

根据要求，这里有一个最低限度的工作示例

prob.success <- sample( seq(.5,.99,.01), size=1 )
conf.alpha <- sample( seq(.5,.99,.01), size=1 )

tab1 <- data.frame( x=0:5, f=round(dbinom(0:5,5,prob.success),3) ) %>%
  mutate( pe=x/5, lcl=qbeta(1-conf.alpha,x+0.5,5-0:5+0.5) ) %>%
  mutate( lcl=pmin(pe,lcl) ) %>%
  mutate( delta=pe-lcl ) %>%
  mutate( f_delta=f*delta )

exp.expr <- "\\sum_x f(x)*\\left ( pe(x) - lcl(x) \\right )"
exp.delta <- format( round(sum( tab1$f_delta ),4), nsmall=4 )

tab2 <- tab1 %>%
  mutate( x=as.character(x), f=format(round(f,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( pe=format(round(pe,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( lcl=format(round(lcl,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( delta=format(round(delta,4),nsmall=3) ) %>%
  mutate( f_delta=format(round(f_delta,4),nsmall=4) ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="",f_delta="") ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="", f="", pe="Exp", lcl="Diff", delta="=", f_delta=exp.expr) ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="=",f_delta=exp.delta) ) %>%
  rbind( data.frame(x="x",f="f(x)",pe="pe(x)",lcl="lcl(x)",delta="pe(x)-lcl(x)",
                    f_delta="f(x)\\times\\left(pe(x)-lcl(x)\\right)"), . )

---

您似乎错过了表中的

$

标记

prob.success <- sample( seq(.5,.99,.01), size=1 )
conf.alpha <- sample( seq(.5,.99,.01), size=1 )

tab1 <- data.frame( x=0:5, f=round(dbinom(0:5,5,prob.success),3) ) %>%
  mutate( pe=x/5, lcl=qbeta(1-conf.alpha,x+0.5,5-0:5+0.5) ) %>%
  mutate( lcl=pmin(pe,lcl) ) %>%
  mutate( delta=pe-lcl ) %>%
  mutate( f_delta=f*delta )

exp.expr <- "$\\sum_x f(x)*\\left ( pe(x) - lcl(x) \\right )$"  # <- Here
exp.delta <- format( round(sum( tab1$f_delta ),4), nsmall=4 )

tab2 <- tab1 %>%
  mutate( x=as.character(x), f=format(round(f,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( pe=format(round(pe,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( lcl=format(round(lcl,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( delta=format(round(delta,4),nsmall=3) ) %>%
  mutate( f_delta=format(round(f_delta,4),nsmall=4) ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="",f_delta="") ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="", f="", pe="Exp", lcl="Diff", delta="=", f_delta=exp.expr) ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="=",f_delta=exp.delta) ) %>%
  rbind( data.frame(x="x",f="f(x)",pe="pe(x)",lcl="lcl(x)",delta="pe(x)-lcl(x)",
                    f_delta="$f(x)\\times\\left(pe(x)-lcl(x)\\right)$"), . )  # <- And here

prob.success%
突变（δ=pe lcl）%>%
变异（f_delta=f*delta）
exp.expr%
变异（增量=格式（圆形（增量，4），nsmall=3））%>%
变异（f_delta=格式（圆形（f_delta，4），nsmall=4））%>%
rbind（，数据帧（x=”，f=”，pe=，lcl=”，delta=”，f_delta=）%>%
rbind（，data.frame（x=，f=，pe=“Exp”，lcl=“Diff”，delta=“=”，f_delta=Exp.expr））%>%
rbind（，数据帧（x=，f=，pe=，lcl=，delta=“=”，f_delta=exp.delta））%>%
rbind（数据帧（x=“x”，f=“f（x）”，pe=“pe（x）”，lcl=“lcl（x）”，delta=“pe（x）-lcl（x）”，
f_delta=“$f（x）\\times\\left（pe（x）-lcl（x）\\ right）$”）。#在与
kableExtra
作者朱浩发了几封电子邮件后，建议使用HTML表格（而不是LaTeX）。因此，以下代码能够成功渲染。非常感谢郝

对原有职位的更改包括

exp.expr <- "$\\sum_x f(x)*\\left ( pe(x) - lcl(x) \\right )$"

你能把你的数据列为表2吗？如果没有这一点，找到错误根源将非常复杂。添加您描述的四美元仍然无法解决问题。因此，根据与Hao的一些电子邮件，这似乎是一个r问题（而不是latex），因为我无法完全完成文档中的每个r块。注释掉as_图像行似乎将.rmd文件分配给正确的编织。但是，如果不使用include_graphics（）命令而将表放入r块中，则无法使其正常工作。
prob.success <- sample( seq(.5,.99,.01), size=1 )
conf.alpha <- sample( seq(.5,.99,.01), size=1 )

tab1 <- data.frame( x=0:5, f=round(dbinom(0:5,5,prob.success),3) ) %>%
  mutate( pe=x/5, lcl=qbeta(1-conf.alpha,x+0.5,5-0:5+0.5) ) %>%
  mutate( lcl=pmin(pe,lcl) ) %>%
  mutate( delta=pe-lcl ) %>%
  mutate( f_delta=f*delta )

exp.expr <- "$\\sum_x f(x)*\\left ( pe(x) - lcl(x) \\right )$"  # <- Here
exp.delta <- format( round(sum( tab1$f_delta ),4), nsmall=4 )

tab2 <- tab1 %>%
  mutate( x=as.character(x), f=format(round(f,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( pe=format(round(pe,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( lcl=format(round(lcl,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( delta=format(round(delta,4),nsmall=3) ) %>%
  mutate( f_delta=format(round(f_delta,4),nsmall=4) ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="",f_delta="") ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="", f="", pe="Exp", lcl="Diff", delta="=", f_delta=exp.expr) ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="=",f_delta=exp.delta) ) %>%
  rbind( data.frame(x="x",f="f(x)",pe="pe(x)",lcl="lcl(x)",delta="pe(x)-lcl(x)",
                    f_delta="$f(x)\\times\\left(pe(x)-lcl(x)\\right)$"), . )  # <- And here

exp.expr <- "$\\sum_x f(x)*\\left ( pe(x) - lcl(x) \\right )$"

tab2 <- tab1 %>%
  mutate( x=as.character(x), f=format(round(f,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( pe=format(round(pe,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( lcl=format(round(lcl,4),nsmall=4) ) %>%
  mutate( delta=format(round(delta,4),nsmall=3) ) %>%
  mutate( f_delta=format(round(f_delta,4),nsmall=4) ) %>%
#  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="",f_delta="") ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="", f="", pe="Exp", lcl="Diff", delta="=", f_delta=exp.expr) ) %>%
  rbind( ., data.frame(x="",f="",pe="",lcl="",delta="=",f_delta=exp.delta) ) # %>%
#  rbind( data.frame(x="x",f="f(x)",pe="pe(x)",lcl="lcl(x)",delta="pe(x)-lcl(x)",
#                    f_delta="f(x)\\times\\left(pe(x)-lcl(x)\\right)"), . )

tab.cols <- c( "x", "f(x)", "pe(x)", "lcl(x)", "pe(x)-lcl(x)",
                "$f(x)\\times\\left(pe(x)-lcl(x)\\right)$" )

kable( tab2, format="html", escape=FALSE, align="c", col.names=tab.cols ) %>%
  kable_styling( "striped", full_width = F, position="center" ) %>%
  footnote( general="Given x successes out of n trials, the holistic Jeffreys $100*(1-\\alpha)\\%$ Lower *Credible* Limit is the value $p$ such that $\\int_0^p \\frac{t^{x+0.5-1}(1-t)^{n-x+0.5-1}}{B(x+0.5,n-x+0.5)} dt = \\alpha$ where B(a,b) is the Beta function given by $\\int_0^1 t^{(x-1)}(1-t)^{(y-1)} dt$.",
           general_title="Note:", footnote_as_chunk=TRUE, escape=FALSE )