McLappy sendmaster错误仅适用于Rscript

使用

Rscript

从命令行调用

mclappy

时，我间歇性地遇到以下错误：

Error in sendMaster(try(lapply(X = S, FUN = FUN, ...), silent = TRUE)) : 
  write error, closing pipe to the master

如果我在R Studio中或从交互式R会话中运行完全相同的代码，则不会出现错误。这个错误会在很大的作业中的各种上下文中出现，在这些作业中，每个工人都必须将一个很大的对象返回给小作业。我也尝试过关闭

预计划

，但它仍然会抛出错误。有时，如果我减少

mc.cores

参数中的线程数，它就会消失。我使用的是Ubuntu 18.04.1上的Microsoft R Open。它也出现在Ubuntu 16.04上。有一件事我没有尝试过，那就是用标准R而不是MRO来运行代码

这是我的

Rscript-e'sessionInfo（）'

：

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有什么想法吗？还有人遇到过这样的事情吗？我很抱歉没有一个可复制的示例，但是到目前为止，我遇到错误的数据/代码无法共享，并且我无法在其他上下文中复制错误。这似乎只是随机发生的。

尝试升级到Rv3.6.0或更高版本

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我也面临同样的问题，这是由并行程序包中的一个bug（未初始化变量的使用）引起的，正如这里详细讨论的：。

Hi louiszya，您能不能生成一段显示此问题的最小代码？就目前而言，它不可复制给其他人（意思是：这肯定不会发生在使用

mclappy

的所有代码中，它需要非常具体的情况）。不过，在发布R配置方面做得很好（但不要在干净的会话中运行它，而是在有问题的会话中运行它，以显示附加了哪些其他包）！可能是从分叉的子进程发送回主进程的数据太大。对于疑难解答，请尝试在脚本顶部添加

trace（parallel:：：sendMaster，at=3L，tracer=quote（{str（list（what=what））}））

，然后重新运行。这应该让我们了解导致错误的数据大小。@HenrikB，我也遇到了这个问题。当我增加返回对象的大小时，情况变得更糟。然而，文档声称，在R3.4.0之前，在32位平台上，每个分叉进程的序列化结果限制为2^31-1字节。这感觉够了。R 3.5.1，debian sid。

R version 3.5.1 (2018-07-02)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Ubuntu 18.04.1 LTS

Matrix products: default
BLAS: /opt/microsoft/ropen/3.5.1/lib64/R/lib/libRblas.so
LAPACK: /opt/microsoft/ropen/3.5.1/lib64/R/lib/libRlapack.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] RevoUtils_11.0.1     RevoUtilsMath_11.0.0

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.5.1