R-将patsy.dmatrices（）与网状结构一起使用

我在尝试将函数

patsy.dmatrices（）

与

networkite

R包一起使用时遇到了名称空间问题

以下是一个简单的可复制示例：

patsy <- import("patsy")
# Data
dataset <- data.frame(Y=rnorm(1000,2.5,1))
# Null model
formula_null <- "I(Y-1) ~ 1"
dmat = patsy$dmatrices(formula_null, data=dataset, NA_action="drop",
                                         return_type="dataframe")

我认为这与名称空间（cf）有关，可以通过使用function

dmatrices（）

的

eval_env

参数来修复名称空间，但我不知道如何修复

当我们想在R中使用Python

statsmodels

包时，这是一个很大的问题，该包使用了公式的

patsy

包

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谢谢你的帮助，

我不确定，但我认为你对名称空间的猜测是正确的，这是patsy和Networkite之间的不幸互动。默认情况下，patsy尝试查看调用者的作用域，以计算公式中任何无法识别的函数/变量（就像R公式函数一样）。这需要使用Python的堆栈内省来查看调用方的作用域。但是，由于调用者使用的是完全不同的语言，这几乎肯定不会起作用

使用

eval_env

参数到

dmatrices

可以覆盖patsy读取调用方名称空间的正常行为。（.）试试这个：

dmat = patsy$dmatrices(formula_null, data=dataset, NA_action="drop",
                       return_type="dataframe",
                       # New:
                       eval_env=patsy$EvalEnvironment(c())
                       )

我们的想法是在这里创建一个空的

EvalEnvironment

对象，并告诉patsy使用它，而不是试图读取调用方的环境

我不熟悉Networkite，因此您可能需要调整以上内容才能正常工作–在Python中，等效内容是：

dmat = patsy.dmatrices(formula_null, data=dataset, NA_action="drop",
                       return_type="dataframe",
                       eval_env=patsy.EvalEnvironment([])

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特别是，如果netracite没有将

c（）

转换为空列表，那么您将需要找到可以转换的内容。（也许可以试试

patsy$EvalEnvironment（list（））

？）

谢谢，这完全是一个救命稻草！

dmat = patsy.dmatrices(formula_null, data=dataset, NA_action="drop",
                       return_type="dataframe",
                       eval_env=patsy.EvalEnvironment([])