根据r包LEA结构图中的Q分数对个体进行分组
我已经使用R中的LEA包完成了对我的SNP数据的结构分析。我有图形输出,但是,这是一个混乱的混乱,因为个人不是按Q分数排列的。有人知道如何根据Q分数沿x轴将个人分组吗根据r包LEA结构图中的Q分数对个体进行分组,r,R,我已经使用R中的LEA包完成了对我的SNP数据的结构分析。我有图形输出,但是,这是一个混乱的混乱,因为个人不是按Q分数排列的。有人知道如何根据Q分数沿x轴将个人分组吗 output = vcf2geno("kobo.vcf", "kobo.geno") obj.at = snmf(output, K = 1:10, ploidy = 2, entropy = T, CPU = 2, project = "new") qmatrix = Q(obj.at, K =9
output = vcf2geno("kobo.vcf", "kobo.geno")
obj.at = snmf(output, K = 1:10, ploidy = 2, entropy = T,
CPU = 2, project = "new")
qmatrix = Q(obj.at, K =9)
barplot(t(qmatrix), col = c("orange","red","green" , "blue", "pink", "yellow", "grey", "purple"), border = NA, space = 0,
xlab = "Individuals", ylab = "Admixture coefficients")
这就是我得到的:
但我想重新排列它,使它看起来有点像这样:
Qmatrix是什么样子的
能否提供几行
qmatrix
的dput()
?另外,根据R标记(悬停以查看):指定所有带有library()
调用的非基本包。@Parfait我已经添加了Q矩阵的前6行。使用recursivePackageDependencies函数,找不到LEA包的依赖项。请在问题正文中包括dput(head(qmatrix))
和所有库
行的输出。对我们没有帮助。确保您的代码是可编译和可运行的,就像从空的R环境(即)中一样。