R 如何更改ggplot中椭圆的半透明？

我正在用ggplot2中的100个不同的椭圆绘制一个图。我希望绘图上的椭圆/多边形略为半透明，使其上线条最多的区域变得更暗，而只有一个椭圆的区域则相当暗

vs

然而，无论我将

alpha

更改为什么，它似乎都没有效果？我做错了什么

ggplot(data = cssibernobk, aes(iso1, iso2)) +
  scale_fill_manual(name = "Marlin Species", labels = c("Blue Marlin", "Striped Marlin"),values=c(col_list)) +
  geom_polygon(data = ellipse_dfcs,
               show.legend = FALSE,
               mapping = aes(iso1, iso2,
                             group = ellipse_dfcs$group,
                             color = factor(group),
                             fill = factor(group)), fill = NA, alpha = 0.2) + 
  scale_color_manual(values = col_list)+
  geom_point(colour="black", shape=21, size = 2, 
             aes(fill = factor(group))) + 
  ylab(expression(paste(delta^{34}, "S (\u2030)")))+ 
  xlab(expression(paste(delta^{13}, "C (\u2030)")))+ 
  theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),
        panel.background = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black")) 

我添加了一些数据：

dput(cssibernobk[1:10,])
structure(list(iso1 = c(-19.0666624548854, -17.8943955612859, 
-18.9928609367509, -16.4710761874456, -18.2727144857982, -20.5069897964015, 
-20.5966996037602, -17.5454265065267, -16.4393689881177, -17.4617536511442
), iso2 = c(19.4934410976126, 19.2364832949763, 19.7701196888491, 
19.837594669008, 19.7147010622141, 20.3802264543413, 20.4655925249838, 
19.0895171633117, 19.7264242586365, 19.2537859386917), group = c(1, 
1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1), community = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 
1, 1, 1)), row.names = c(NA, -10L), class = c("tbl_df", "tbl", 
"data.frame"))

dput(ellipse_dfcs[1:10,])
structure(list(id = c("1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", "1", 
"1", "1"), iso1 = c(-15.3019878272902, -15.4740783680741, -15.6530442971316, 
-15.8381649818314, -16.0286950065133, -16.2238671740144, -16.4228955949008, 
-16.6249788519676, -16.8293032272625, -17.0350459786413), iso2 = c(20.3654052739855, 
20.44444500941, 20.5195305006846, 20.5903594050369, 20.6566465194678, 
20.718124929163, 20.7745470822651, 20.8256857866775, 20.8713351248865, 
20.9113112831188), community = c("1", "1", "1", "1", "1", "1", 
"1", "1", "1", "1"), group = c("1", "1", "1", "1", "1", "1", 
"1", "1", "1", "1")), row.names = c(NA, 10L), class = "data.frame")

---

为帮助干杯

问题在于您指定的是

alpha=

，但这将应用于行的

fill=

，而不是

color=

。例如，在

geom_line（）

中，可以使用

alpha=

使线条透明，但

geom_polygon（）的情况并非如此。由于很难演示如何使用集合，让我用一个示例集合演示：

# I dunno, I'm making shapes...
d <- data.frame(id=c(rep('this',4),rep('that',4)), x=c(0,1,1,0.5,0.5,2,0.5,0.5), y=c(0,0,2,3,0.5,2,2,1))

p <- ggplot(d, aes(x,y)) + theme_bw()
p + geom_polygon(aes(color=id), size=1.5)


那么，我们如何修复它呢？那么，您需要以另一种方式指定alpha，即使用
alpha（）：函数
。您可能认为可以在
aes（）中使用
，并直接应用于
颜色=
美学。。。但你错了
aes（color=alpha（id，0.2））
将不起作用，因为
alpha（）
希望发送实际的颜色名称，而不是像
ggplot2
那样的因子名称。但是，您可以在
scale\u color\u manual（）
中指定
alpha（）

p + geom_polygon(aes(color=id), size=1.5, alpha=0.2) +
  scale_color_manual(values=alpha(c("this"='blue', "that"='red'),0.2))


这可能很难从中看出，但线条的颜色是透明的。您可以在不使用alpha设置的情况下与相同颜色进行比较：

p + geom_polygon(aes(color=id), size=1.5, alpha=0.2) +
  scale_color_manual(values=c("this"='blue', "that"='red'))


现在很明显，您需要更改
scale\u color\u manual（）
行。我认为这应该奏效：

  scale_color_manual(values = alpha(col_list, 0.2))

只有某些打印设备接受透明多边形。我经常在XQuartz绘图设备上遇到这个问题。您是否尝试过打印到
.png
？我成功地在一个非常类似的打印中打印了透明多边形，而没有打印到.png，因此我认为这是代码的问题！我会试试看它是如何工作的。谢谢如果这不起作用，你的问题是关于
dput（cssibernobk[1:10，]）
和
dput（ellipse_-dfcs[1:10，]）
的一些样本数据，我来看看。是的，这不起作用！我已经添加了一些示例数据，还将添加一个示例，说明我正在尝试实现的目标，以及它当前的外观。不幸的是，
eliple\u dfcs
的示例中没有足够的数据点来绘制更多的数据。也许你可以在Github上发布更多（或全部）数据？此外，我们没有
列
，但它可能不是必需的。现在已经很晚了，但是如果没有其他人能帮助你的话，我明天早上会去看看。太棒了！这真是太好了！！！谢谢你的帮助。
  scale_color_manual(values = alpha(col_list, 0.2))