R 为什么这两个以相同方式生成的GGPlot对图例的排序不同？我怎样才能控制它？

我有一行代码，我正在一些数据上运行，以绘制MDS图。让我们先从数据开始：

我正在使用以下代码行创建MDS绘图：

ggplot(mds, aes(X1,X2,color=Virus_Treatment,shape=Infection)) + geom_point(size=3) + ggtitle("MDS Plot") + theme(plot.title = element_text(lineheight=.8, face="bold"))

当我绘制MDS 1的数据时，它如下所示：

但是，当我绘制MDS 2的数据时，它看起来是这样的：

第一个问题：为什么感染图例在MDS 1的顶部，而在MDS 2的底部？我确实在上面运行了相同的代码，为什么传说会改变它的行为？我想要这些情节之间的一致性。有没有办法指定图例的排序方式

第二个问题：我希望病毒治疗部分的颜色保持一致。在MDS 2中，数据类型比MDS 1中多1种，因此颜色一致性会受到影响。有没有办法对MDS 2的数据重新排序，使新颜色位于列表的末尾，或者手动设置静态颜色集？我需要保持图形中的颜色相同，即使使用的颜色数量不同

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提前感谢您对此的任何见解

感谢Gregor和aosmith的回答。这就是我为解决这些问题所做的：

Virus_Treatments <- factor(mds$Virus_Treatment, 
    levels = c("ACali09_contact", "AChkShng113_principal", 
               "AShng113_principal", "mock_mock", "ACali09_principal"))

color_set = c("#F8766D", "#7CAE00", "#00BFC4", "#C77CFF", "#FF61C3")

ggplot(mds, aes(X1,X2,color=Virus_Treatments,shape=Infection)) + geom_point(size=3) + ggtitle("MDS Plot") + theme(plot.title = element_text(lineheight=.8, face="bold")) + guides(colour = guide_legend(order = 2), shape = guide_legend(order = 1)) + scale_colour_manual(values=color_set)

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Virus\u处理颜色图例根据因子的级别确定。在两个数据集中使用
Virus_Treatment
上的
factor（）
，并指定
级别
作为唯一值的完整列表，按您想要的顺序。您可以通过
scale_color_手册
设置颜色；参见，例如。我记得传说中的顺序可以是；有关控制顺序的信息，请参见
指南\u图例
中的“顺序”参数。