SimRAD用户：fasta导入以防止insilico.digest strsplit错误

我正在尝试使用下面的代码对包SimRAD中的RADseq运行进行硅内消化。我认为问题在于数据的加载-我不断得到以下错误：

strsplit中的错误（DNAseq，split=recognition\u code，fixed=FALSE，perl=FALSE）： 非字符参数

在我的Fasta文件中，我的Fasta头是： gi 32456060 emb BX526834微小隐孢子虫6号染色体 我把所有的都拿走了，和|之前在文件名中，正如我读到的那样|尤其可能导致strsplit错误

不幸的是，我发现的SimRAD文档中没有一个处理过这个问题，我在论坛上发现的所有strsplit错误都与相当不同的示例类型相关，我无法确定要更改或修改什么以防止错误

以下是包含所需软件包的代码：

    ###-----Start Code
    source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite("Biostrings")
    biocLite("ShortRead")

    install.packages("~/Downloads/SimRAD_0.95.tgz", repos = NULL)

    library(Biostrings)
    library(ShortRead)
    library(seqinr)
    library(SimRAD)

    #Restriction Enzyme 1
    #MseI #
    MseIcs_5p <- "T"
    MseIcs_3p <- "TAA"
    #Restriction Enzyme 2
    #EcoRI#
    EcoRIcs_5p <- "G"
    EcoRIcs_3p <- "AATTC"

    ##these are two alternative means I've tried to read in a fasta file 
    ##I believe this is the the problem line - either a new line for
    ##importing or #some subsequent line is needed to prevent the error that    
    ##follows
    CryptoParChr6 <- read.fasta(file = "filepath.fasta")
    CryptoParChr6 <- readDNAStringSet("filepath.fasta", "fasta")

    ##the error comes in at this line
    CryptoParChr6.dig <- insilico.digest(CryptoParChr6, MseIcs_5p,  
            MseIcs_3p, EcoRIcs_5p, EcoRIcs_3p, verbose = TRUE)

    ###-----End Code

###------开始代码
来源（“http://bioconductor.org/biocLite.R")
生物晶石（“生物串”）
生物晶石（“速读”）
install.packages（“~/Downloads/SimRAD_0.95.tgz”，repos=NULL）
图书馆（生物串）
图书馆（速读）
图书馆（seqinr）
图书馆（SimRAD）
#限制性内切酶1
#MseI#
MseIcs_5p您的问题与
SimRAD
包本身几乎没有关系。正如在
？insilico.digest
中明确指出的，第一个参数必须是字符串（或其向量）。例如，
read.fasta
输出
SeqFastadna
对象列表。因此，您必须提取序列本身：

myFasta     <- read.fasta(file = "filepath.fasta", as.string = 1)
mySequences <- unlist(myFasta)
myDigest    <- insilico.digest(myFasta, MseIcs_5p, MseIcs_3p, EcoRIcs_5p, EcoRIcs_3p, verbose = TRUE)

myFasta