Raspberry pi RPi BLCR/MPICH检查点/重启问题
在对我的问题进行了数周的调查之后，我从上下文的hextdump中找到了一些信息（我得到了一个没有C/R错误的信息（在这个问题的末尾有链接，但没有重新启动成功））（context-num0-0-0，） 我想我的问题就在这里：Raspberry pi RPi BLCR/MPICH检查点/重启问题,raspberry-pi,mpi,blcr,Raspberry Pi,Mpi,Blcr,在对我的问题进行了数周的调查之后，我从上下文的hextdump中找到了一些信息（我得到了一个没有C/R错误的信息（在这个问题的末尾有链接，但没有重新启动成功））（context-num0-0-0，） 我想我的问题就在这里： pi@raspberrypi ~ $ ps aux --forest | grep -B 5 defunct pi 2711 0.0 0.2 2340 1044 ? Ss 06:17 0:01 | \_ /usr/l
pi@raspberrypi ~ $ ps aux --forest | grep -B 5 defunct
pi 2711 0.0 0.2 2340 1044 ? Ss 06:17 0:01 | \_ /usr/lib/openssh/sftp-server
root 4023 0.0 0.7 9804 3204 ? Ss 08:29 0:00 \_ sshd: pi [priv]
pi 4030 0.0 0.3 9804 1520 ? S 08:29 0:01 | \_ sshd: pi@pts/1
pi 4031 0.0 0.7 6252 3492 pts/1 Ss 08:29 0:03 | \_ -bash
pi 4964 0.0 0.2 4452 1152 pts/1 R+ 10:01 0:00 | \_ ps aux --forest
pi 4965 0.0 0.1 3544 812 pts/1 S+ 10:01 0:00 | \_ grep --color=auto -B 5 defunct
root 4693 0.0 0.7 9804 3204 ? Ss 09:29 0:00 \_ sshd: pi [priv]
pi 4700 0.0 0.3 9804 1528 ? S 09:29 0:00 \_ sshd: pi@pts/0
pi 4701 0.1 0.7 6260 3508 pts/0 Ss 09:29 0:03 \_ -bash
pi 4948 0.0 0.2 3048 1036 pts/0 S+ 09:58 0:00 \_ mpiexec -np 2 -launcher fork -ckpointlib blcr -ckpoint-prefix /tmp/ -ckpoint-num 1
pi 4949 0.0 0.1 3024 844 ? Ss 09:58 0:00 \_ /bin/hydra_pmi_proxy --control-port raspberrypi:38854 --rmk user --launcher fork --demux poll --pgid 0 --retries 10 --usize -2 --proxy-id 0
pi 4950 0.0 0.0 0 0 ? Z 09:58 0:00 \_ [hydra_pmi_proxy] <defunct>
root 2154 0.0 0.8 26524 3736 ? Sl 05:38 0:01 /usr/sbin/console-kit-daemon --no-daemon
root 2221 0.0 0.6 22288 2920 ? Sl 05:38 0:00 /usr/lib/policykit-1/polkitd --no-debug
pi 4878 0.0 0.1 3024 844 ? Ss 09:45 0:00 /bin/hydra_pmi_proxy --control-port raspberrypi:38525 --rmk user --launcher fork --demux poll --pgid 0 --retries 10 --usize -2 --proxy-id 0
pi 4879 0.0 0.0 0 0 ? Z 09:45 0:00 \_ [test2_] <defunct>
root 4910 0.0 0.1 3024 844 ? Ss 09:56 0:00 /bin/hydra_pmi_proxy --control-port raspberrypi:49960 --rmk user --launcher fork --demux poll --pgid 0 --retries 10 --usize -2 --proxy-id 0
root 4911 0.0 0.0 0 0 ? Z 09:56 0:00 \_ [hydra_pmi_proxy] <defunct>
root 2221 0.0 0.6 22288 2920 ? Sl 05:38 0:01 /usr/lib/policykit-1/polkitd --no-debug
root 5691 0.0 0.3 3796 1704 tty1 Ss 15:36 0:00 /bin/login --
pi 5707 0.2 0.7 6308 3564 tty1 S 15:37 0:03 \_ -bash
pi 6057 0.1 0.2 3052 1044 tty1 S+ 16:01 0:00 \_ mpiexec -n 2 -ckpointlib blcr -ckpoint-prefix /tmp/ -v -ckpoint-num 0
pi 6058 0.0 0.1 3024 844 ? Ss 16:01 0:00 \_ /bin/hydra_pmi_proxy --control-port raspberrypi:51572 --debug --rmk user --launcher ssh --demux poll --pgid 0 --retries 10 --usize -2 --proxy-id 0
pi 6059 0.0 0.0 0 0 ? Z 16:01 0:00 \_ [hydra_pmi_proxy] <defunct>
pi 5982 0.0 0.1 3024 844 ? Ss 15:53 0:00 /bin/hydra_pmi_proxy --control-port raspberrypi:58709 --debug --rmk user --launcher ssh --demux poll --pgid 0 --retries 10 --usize -2 --proxy-id 0
pi 5983 0.0 0.0 0 0 ? Z 15:53 0:00 \_ [test2_] <defunct>
root 2221 0.0 0.6 22288 2920？Sl 05:38 0:01/usr/lib/policykit-1/polkitd--无调试
根目录5691 0.0 0.3 3796 1704 tty1 Ss 15:36 0:00/bin/login--
pi 5707 0.2 0.7 6308 3564 tty1 S 15:37 0:03 \-bash
pi 6057 0.1 0.2 3052 1044 tty1 S+16:01 0:00\\uMPiexec-n2-ckpointlib blcr-ckpoint prefix/tmp/-v-ckpoint num 0
pi 6058 0.0 0.1 3024 844？Ss 16:01 0:00\\uu/bin/hydra\u pmi\u代理--控制端口raspberrypi:51572--调试--rmk用户--启动器ssh--解复用轮询--pgid 0--重试10--使用-2--代理id 0
pi 60590.0.0？Z 16:01 0:00 \[hydra\u pmi\u代理]
pi 5982 0.0 0.1 3024 844？Ss 15:53 0:00/bin/hydra_pmi_proxy--控制端口raspberrypi:58709--调试--rmk用户--启动器ssh--解复用轮询--pgid 0--重试10--使用-2--代理id 0
pi 5983 0.0 0.0？Z 15:53 0:00 \[test2]
pi@raspberrypi ~ $ ps aux --forest | grep -B 5 defunct
pi 2711 0.0 0.2 2340 1044 ? Ss 06:17 0:01 | \_ /usr/lib/openssh/sftp-server
root 4023 0.0 0.7 9804 3204 ? Ss 08:29 0:00 \_ sshd: pi [priv]
pi 4030 0.0 0.3 9804 1520 ? S 08:29 0:01 | \_ sshd: pi@pts/1
pi 4031 0.0 0.7 6252 3492 pts/1 Ss 08:29 0:03 | \_ -bash
pi 4964 0.0 0.2 4452 1152 pts/1 R+ 10:01 0:00 | \_ ps aux --forest
pi 4965 0.0 0.1 3544 812 pts/1 S+ 10:01 0:00 | \_ grep --color=auto -B 5 defunct
root 4693 0.0 0.7 9804 3204 ? Ss 09:29 0:00 \_ sshd: pi [priv]
pi 4700 0.0 0.3 9804 1528 ? S 09:29 0:00 \_ sshd: pi@pts/0
pi 4701 0.1 0.7 6260 3508 pts/0 Ss 09:29 0:03 \_ -bash
pi 4948 0.0 0.2 3048 1036 pts/0 S+ 09:58 0:00 \_ mpiexec -np 2 -launcher fork -ckpointlib blcr -ckpoint-prefix /tmp/ -ckpoint-num 1
pi 4949 0.0 0.1 3024 844 ? Ss 09:58 0:00 \_ /bin/hydra_pmi_proxy --control-port raspberrypi:38854 --rmk user --launcher fork --demux poll --pgid 0 --retries 10 --usize -2 --proxy-id 0
pi 4950 0.0 0.0 0 0 ? Z 09:58 0:00 \_ [hydra_pmi_proxy] <defunct>
root 2154 0.0 0.8 26524 3736 ? Sl 05:38 0:01 /usr/sbin/console-kit-daemon --no-daemon
root 2221 0.0 0.6 22288 2920 ? Sl 05:38 0:00 /usr/lib/policykit-1/polkitd --no-debug
pi 4878 0.0 0.1 3024 844 ? Ss 09:45 0:00 /bin/hydra_pmi_proxy --control-port raspberrypi:38525 --rmk user --launcher fork --demux poll --pgid 0 --retries 10 --usize -2 --proxy-id 0
pi 4879 0.0 0.0 0 0 ? Z 09:45 0:00 \_ [test2_] <defunct>
root 4910 0.0 0.1 3024 844 ? Ss 09:56 0:00 /bin/hydra_pmi_proxy --control-port raspberrypi:49960 --rmk user --launcher fork --demux poll --pgid 0 --retries 10 --usize -2 --proxy-id 0
root 4911 0.0 0.0 0 0 ? Z 09:56 0:00 \_ [hydra_pmi_proxy] <defunct>
host: raspberrypi
==================================================================================================
mpiexec options:
----------------
Base path: /bin/
Launcher: (null)
Debug level: 1
Enable X: -1
Global environment:
-------------------
MANPATH=:/usr/local/man
SHELL=/bin/bash
TERM=linux
XDG_SESSION_COOKIE=40a78f4b44fccc138ec16d4052434c66-1387121860.786856-628795747
HUSHLOGIN=FALSE
USER=pi
LD_LIBRARY_PATH=:/usr/local/lib:/usr/local/lib64
LS_COLORS=rs=0:di=01;34:ln=01;36:mh=00:pi=40;33:so=01;35:do=01;35:bd=40;33;01:cd=40;33;01:or=40;31;01:su=37;41:sg=30;43:ca=30;41:tw=30;42:ow=34;42:st=37;44:ex=01;32:*.tar=01;31:*.tgz=01;31:*.arj=01;31:*.taz=01;31:*.lzh=01;31:*.lzma=01;31:*.tlz=01;31:*.txz=01;31:*.zip=01;31:*.z=01;31:*.Z=01;31:*.dz=01;31:*.gz=01;31:*.lz=01;31:*.xz=01;31:*.bz2=01;31:*.bz=01;31:*.tbz=01;31:*.tbz2=01;31:*.tz=01;31:*.deb=01;31:*.rpm=01;31:*.jar=01;31:*.war=01;31:*.ear=01;31:*.sar=01;31:*.rar=01;31:*.ace=01;31:*.zoo=01;31:*.cpio=01;31:*.7z=01;31:*.rz=01;31:*.jpg=01;35:*.jpeg=01;35:*.gif=01;35:*.bmp=01;35:*.pbm=01;35:*.pgm=01;35:*.ppm=01;35:*.tga=01;35:*.xbm=01;35:*.xpm=01;35:*.tif=01;35:*.tiff=01;35:*.png=01;35:*.svg=01;35:*.svgz=01;35:*.mng=01;35:*.pcx=01;35:*.mov=01;35:*.mpg=01;35:*.mpeg=01;35:*.m2v=01;35:*.mkv=01;35:*.webm=01;35:*.ogm=01;35:*.mp4=01;35:*.m4v=01;35:*.mp4v=01;35:*.vob=01;35:*.qt=01;35:*.nuv=01;35:*.wmv=01;35:*.asf=01;35:*.rm=01;35:*.rmvb=01;35:*.flc=01;35:*.avi=01;35:*.fli=01;35:*.flv=01;35:*.gl=01;35:*.dl=01;35:*.xcf=01;35:*.xwd=01;35:*.yuv=01;35:*.cgm=01;35:*.emf=01;35:*.axv=01;35:*.anx=01;35:*.ogv=01;35:*.ogx=01;35:*.aac=00;36:*.au=00;36:*.flac=00;36:*.mid=00;36:*.midi=00;36:*.mka=00;36:*.mp3=00;36:*.mpc=00;36:*.ogg=00;36:*.ra=00;36:*.wav=00;36:*.axa=00;36:*.oga=00;36:*.spx=00;36:*.xspf=00;36:
MAIL=/var/mail/pi
PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/local/games:/usr/games:/usr/local/bin
PWD=/home/pi
LANG=en_GB.UTF-8
SHLVL=1
HOME=/home/pi
LOGNAME=pi
_=/bin/mpiexec
Hydra internal environment:
---------------------------
MPICH_ENABLE_CKPOINT=1
GFORTRAN_UNBUFFERED_PRECONNECTED=y
Proxy information:
*********************
[1] proxy: raspberrypi (1 cores)
Exec list: (null) (2 processes);
==================================================================================================
[mpiexec@raspberrypi] Timeout set to -1 (-1 means infinite)
[mpiexec@raspberrypi] Got a control port string of raspberrypi:51572
Proxy launch args: /bin/hydra_pmi_proxy --control-port raspberrypi:51572 --debug --rmk user --launcher ssh --demux poll --pgid 0 --retries 10 --usize -2 --proxy-id
Arguments being passed to proxy 0:
--version 1.5 --iface-ip-env-name MPICH_INTERFACE_HOSTNAME --hostname raspberrypi --global-core-map 0,1,1 --pmi-id-map 0,0 --global-process-count 2 --auto-cleanup 1 --pmi-kvsname kvs_6057_0 --pmi-process-mapping (vector,(0,1,1)) --ckpointlib blcr --ckpoint-prefix /tmp/ --global-inherited-env 16 'MANPATH=:/usr/local/man' 'SHELL=/bin/bash' 'TERM=linux' 'XDG_SESSION_COOKIE=40a78f4b44fccc138ec16d4052434c66-1387121860.786856-628795747' 'HUSHLOGIN=FALSE' 'USER=pi' 'LD_LIBRARY_PATH=:/usr/local/lib:/usr/local/lib64' 'LS_COLORS=rs=0:di=01;34:ln=01;36:mh=00:pi=40;33:so=01;35:do=01;35:bd=40;33;01:cd=40;33;01:or=40;31;01:su=37;41:sg=30;43:ca=30;41:tw=30;42:ow=34;42:st=37;44:ex=01;32:*.tar=01;31:*.tgz=01;31:*.arj=01;31:*.taz=01;31:*.lzh=01;31:*.lzma=01;31:*.tlz=01;31:*.txz=01;31:*.zip=01;31:*.z=01;31:*.Z=01;31:*.dz=01;31:*.gz=01;31:*.lz=01;31:*.xz=01;31:*.bz2=01;31:*.bz=01;31:*.tbz=01;31:*.tbz2=01;31:*.tz=01;31:*.deb=01;31:*.rpm=01;31:*.jar=01;31:*.war=01;31:*.ear=01;31:*.sar=01;31:*.rar=01;31:*.ace=01;31:*.zoo=01;31:*.cpio=01;31:*.7z=01;31:*.rz=01;31:*.jpg=01;35:*.jpeg=01;35:*.gif=01;35:*.bmp=01;35:*.pbm=01;35:*.pgm=01;35:*.ppm=01;35:*.tga=01;35:*.xbm=01;35:*.xpm=01;35:*.tif=01;35:*.tiff=01;35:*.png=01;35:*.svg=01;35:*.svgz=01;35:*.mng=01;35:*.pcx=01;35:*.mov=01;35:*.mpg=01;35:*.mpeg=01;35:*.m2v=01;35:*.mkv=01;35:*.webm=01;35:*.ogm=01;35:*.mp4=01;35:*.m4v=01;35:*.mp4v=01;35:*.vob=01;35:*.qt=01;35:*.nuv=01;35:*.wmv=01;35:*.asf=01;35:*.rm=01;35:*.rmvb=01;35:*.flc=01;35:*.avi=01;35:*.fli=01;35:*.flv=01;35:*.gl=01;35:*.dl=01;35:*.xcf=01;35:*.xwd=01;35:*.yuv=01;35:*.cgm=01;35:*.emf=01;35:*.axv=01;35:*.anx=01;35:*.ogv=01;35:*.ogx=01;35:*.aac=00;36:*.au=00;36:*.flac=00;36:*.mid=00;36:*.midi=00;36:*.mka=00;36:*.mp3=00;36:*.mpc=00;36:*.ogg=00;36:*.ra=00;36:*.wav=00;36:*.axa=00;36:*.oga=00;36:*.spx=00;36:*.xspf=00;36:' 'MAIL=/var/mail/pi' 'PATH=/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/local/games:/usr/games:/usr/local/bin' 'PWD=/home/pi' 'LANG=en_GB.UTF-8' 'SHLVL=1' 'HOME=/home/pi' 'LOGNAME=pi' '_=/bin/mpiexec' --global-user-env 0 --global-system-env 2 'MPICH_ENABLE_CKPOINT=1' 'GFORTRAN_UNBUFFERED_PRECONNECTED=y' --proxy-core-count 1 --exec --exec-appnum 0 --exec-proc-count 2 --exec-local-env 0 --exec-wdir /home/pi --exec-args 0
[mpiexec@raspberrypi] Launch arguments: /bin/hydra_pmi_proxy --control-port raspberrypi:51572 --debug --rmk user --launcher ssh --demux poll --pgid 0 --retries 10 --usize -2 --proxy-id 0
root 2221 0.0 0.6 22288 2920 ? Sl 05:38 0:01 /usr/lib/policykit-1/polkitd --no-debug
root 5691 0.0 0.3 3796 1704 tty1 Ss 15:36 0:00 /bin/login --
pi 5707 0.2 0.7 6308 3564 tty1 S 15:37 0:03 \_ -bash
pi 6057 0.1 0.2 3052 1044 tty1 S+ 16:01 0:00 \_ mpiexec -n 2 -ckpointlib blcr -ckpoint-prefix /tmp/ -v -ckpoint-num 0
pi 6058 0.0 0.1 3024 844 ? Ss 16:01 0:00 \_ /bin/hydra_pmi_proxy --control-port raspberrypi:51572 --debug --rmk user --launcher ssh --demux poll --pgid 0 --retries 10 --usize -2 --proxy-id 0
pi 6059 0.0 0.0 0 0 ? Z 16:01 0:00 \_ [hydra_pmi_proxy] <defunct>
pi 5982 0.0 0.1 3024 844 ? Ss 15:53 0:00 /bin/hydra_pmi_proxy --control-port raspberrypi:58709 --debug --rmk user --launcher ssh --demux poll --pgid 0 --retries 10 --usize -2 --proxy-id 0
pi 5983 0.0 0.0 0 0 ? Z 15:53 0:00 \_ [test2_] <defunct>