如何将通配符强制添加到--report标题中
我正在使用如何将通配符强制添加到--report标题中,report,snakemake,Report,Snakemake,我正在使用snakemake--report(v5.9.1)为管道/结果创建.html报告。但是,我不能在report()的标题参数中使用通配符 下面是一个简短的示例,它不需要在标题中使用通配符 rule all: input: expand("doit.{role}", role=["founder","offspring"]) rule doit: output: report(touch("doit.{role}"),caption="doit.rst")
snakemake--report
(v5.9.1)为管道/结果创建.html报告。但是,我不能在report()
的标题参数中使用通配符
下面是一个简短的示例,它不需要在标题中使用通配符
rule all:
input: expand("doit.{role}", role=["founder","offspring"])
rule doit:
output: report(touch("doit.{role}"),caption="doit.rst")
run: print(output[0])
现在,我想要/需要的是为创始人
和后代
单独添加一个标题。
我试图简单地将{role}
通配符添加到标题中
:
output: report(touch("doit.{role}"),caption="doit.{role}.rst")
但这是一个错误
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'sandBox/doit.{role}.rst'
但是仅当通过运行snakemake--report生成hmtl文件时
。(管道运行正常)
在解析标题
时,输出
通配符似乎不会被计算/替换
我正在使用标题功能来显示简短的结果,并在.html报告中对结果进行排序。(有关)
有人能为我正在尝试做的事情提出一个变通方案或更好的模式吗