Scripting 使用Awk或Cut打印列？

我正在编写一个脚本，该脚本将文件名作为参数，在每行的开头找到一个单词和一个特定的单词，在本例中是单词ATOM，并打印特定列中的值

$FILE=*.pdb *

if test $# -lt 1
then
 echo "usage: $0 Enter a .PDB filename"
 exit
fi
if test -r $FILE
then
 grep ^ATOM $FILE | awk '{ print $18 }' | awk '{ print NR $4, "\t" $38,}'
else
 echo "usage: $FILE must be readable"
 exit
fi

我很难找出三个问题：

如何使用awk仅打印包含ATOM作为第一个单词的行

如何使用awk仅打印符合上述条件的行中的某些列，特别是列2-20和38-40

我如何指示这必须是pdb文件？*。pdb*

那就是

awk '$1 == "ATOM"' $FILE

使用

cut

可以更好地完成该任务：

grep ^ATOM $FILE | cut -c 2-20,38-40

如果要确保作为脚本的第一个参数传递的文件名以

.pdb

结尾：首先，请不要这样做（文件扩展名在UNIX中并不重要），其次，如果必须这样做，这里有一种方法：

"${1%%.pdb}" == "$1" && echo "usage:..." && exit 1

这将获取第一个命令行参数（

$1

），去掉后缀

.pdb

（如果存在），然后将其与原始命令行参数进行比较。如果它们匹配，则它没有后缀，因此程序将打印一条使用消息并以状态代码1退出

---

与答案相反，您的任务只需一个awk命令即可完成。不需要grep或cut或

if [ $# -lt 1 ];then
 echo "usage: $0 Enter a .PDB filename"
 exit
fi
FILE="$1"
case "$FILE" in
*.pdb )

if test -r $FILE
then 
 # do for 2-20 assuming whites paces as column separators
 awk '$1=="ATOM" && NF>18 { 
   printf "%s ",$2
   for(i=3;i<=19;i++){
     printf "%s ",$i
   }
   printf "%s",$20   
 }' "$FILE"
else
 echo "usage: $FILE must be readable"
 exit
fi
;;
*) exit;;
esac

if[$#-lt 1]；然后
echo“用法：$0输入.PDB文件名”
出口
fi
FILE=“$1”
中的大小写“$FILE”
*.pdb）
如果测试-r$文件
然后
#假设空格作为列分隔符，则执行2-20
awk'$1==“原子”&&NF>18{
printf“%s”，2美元
对于（i=3；i您可以在本机
bash
中执行所有需要的操作，而无需生成任何子进程：

#!/bin/bash

declare    key="ATOM"
declare    print_columns=( 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 38 39 40 )

[ ! -f "${1}" ] && echo "File not found." && exit
[ "${1%.pdb}" == "${1}" ] && echo "File is wrong type." && exit

while read -a columns; do
  if [ ${columns[0]} == ${key} ]; then
    printf "%s " ${key}
    for print_column in ${print_columns[@]}; do
      printf "%s " ${columns[${print_column}]}
    fi
    printf "\n"
  fi
done < ${1}

！/bin/bash
declare key=“ATOM”
声明打印列=（2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 19 20 38 39 40）
[！-f“${1}]”和&echo“未找到文件”。&&exit
[“${1%.pdb}”==“${1}”]&&echo“文件类型错误。”&&exit
当读a列时；做
如果[${columns[0]}=${key}]；则
printf“%s”${key}
对于${print_columns[@]}；do中的print_列
printf“%s”${columns[${print\u column}]}
fi
printf“\n”
fi
完成<${1}
谢谢David！我能问你为什么说“请不要”，因为参数不能仅限于.pdb文件吗？如果我需要打印的列只能是在第18-30列中有条目的类型，我应该分别对每个列使用管道吗？grep^ATOM$1 | cut-f 18-30 | cut-f 2-20，38-40@Koala：关于文件名，如果你想使用你的程序怎么办在一个名称以
.txt
？或
.csv
？或
.bak
？结尾的文件上，或者在一个名称完全没有扩展名的文件上？仅仅因为文件名不符合某些任意约定而使程序失败，这不是一种愚蠢的做法吗？当然，这是您的程序，因此，如果您使用ant，但如果我的经验可以作为指导的话，那么最终会有一天，您会想要取消该检查。其他UNIX实用程序（例如
grep
和
awk
）不要检查文件名，这是有原因的。至于你问题的第二部分，关于列，我真的不明白你在问什么。问题第二部分的澄清：如果列18-30中有内容，那么输出将显示列2-20、38-40的内容。我如何过滤？管道还是if-THEN语句？N我不知道该如何设置。啊，那会更复杂。我想不出一个方法来使用
cut
，但是你可能可以做一些类似
awk'$1==“ATOM”&&substr（$0,18,13）！~/[^[：space:]/| cut-c2-20,38-40'
（或者您可以在
awk
中完成整个过程，但程序会稍微长一点）。当然，这取决于您对“内容”的定义（在本例中，我假设它表示任何非空白字符串）。