如何将sed/samtools结果输出到新目录

我有以下更改染色体名称的sed命令：

for file in /myoldpath/*.bam; do filename=`echo $file | cut -d "." -f 1`; samtools view -H $file | sed -e 's/SN:\([0-9XY]\)/SN:chr\1/' -e 's/SN:MT/SN:chrM/' | samtools reheader - $file > /mynewpath/${filename}_chr.bam; done  

我的问题是如何在新路径中插入结果，同时将变量$filename作为每个新文件名的一部分？它总是将结果插入/myolpath/或/mynewpath/中的“filename.chr.bam”。 我是否在那部分

$file>/mynewpath/${filename}\u chr.bam

的语法中遗漏了什么

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任何帮助都将不胜感激

尝试更改filename=echo$file | cut-d“。-f 1；到文件名=$（echo$file | rev | cut-d”/“-f1 | rev | cut-d”。-f1）

感谢@lurii的回复。我尝试了这个，但是我得到了一个以“\u chr\u bam”形式的输出。以下是我尝试的：

用于/myolpath/*.bam中的文件；do filename=$（echo$文件| cut-d”“-f 1）；samtools视图-H$file | sed-e's/SN:（[0-9XY]）/SN:chr\1/'-e's/SN:MT/SN:chrM/'| samtools reheader-$file>/mynewpath/${filename}chr.bam；完成

如果将命令更改为/mynewpath/${file}\u chr.bam，文件名是什么样子？您可以尝试此文件名=$（echo$file | rev | cut-d”/“-f1 | rev | cut-d”。-f1）；