Shell 在UNIX中遍历文件

Shell 在UNIX中遍历文件,shell,unix,bioinformatics,Shell,Unix,Bioinformatics,我是UNIX的新手,所以请容忍我。。我有一个长文件,看起来像这样: 0 MitoT217C 0 217 0 MitoG228A 0 228 0 MitoC295T 0 295 0 MitoC458T 0 458 此文件中没有头。第一列表示1-22号染色体以及X和Y染色体的染色体数。我只想提取22号染色体和X号染色体的数据,然后放在一个单独的文件中

我是UNIX的新手,所以请容忍我。。我有一个长文件,看起来像这样:

0       MitoT217C       0       217

0       MitoG228A       0       228

0       MitoC295T       0       295

0       MitoC458T       0       458
此文件中没有头。第一列表示1-22号染色体以及X和Y染色体的染色体数。我只想提取22号染色体和X号染色体的数据,然后放在一个单独的文件中。我知道如何做后者,但我对如何仅获取这两条染色体的数据感到困惑。

例如:

  • GNU grep:
    egrep'^(22|X)'oldfile>newfile
  • GNU sed:
    sed-r'/^(22|X)/!d'旧文件>新文件

使用shell脚本、python、perl等?请提供更多详细信息。@ManuelSelva对于很多人来说,UNIX和shell脚本是同义词。:)这不是超级用户的问题吗?@Tim ok;-)即使知道这一点,我也能在这个问题上加上shell标签吗?@ManuelSelva我会说去吧。在我看来,这似乎是OP想要的。