如何在shell命令中将值从文件传递到参数?
我正在学习如何在unixshell中创建脚本。我有一个基因组坐标列表,我想将其作为值传递给命令行。例如,我有文件如何在shell命令中将值从文件传递到参数?,shell,Shell,我正在学习如何在unixshell中创建脚本。我有一个基因组坐标列表,我想将其作为值传递给命令行。例如,我有文件Chr1.txt: Chr1 10 450 Chr1 456 890 ... shell命令是: maf_parse --start *value1* --end *value2* 我希望使用Chr1.txt中的start($2)和end($3)坐标迭代运行shell命令。我有大约1000个条目 while read chr1 start end do
Chr1.txt
:
Chr1 10 450
Chr1 456 890
...
shell命令是:
maf_parse --start *value1* --end *value2*
我希望使用Chr1.txt
中的start($2
)和end($3
)坐标迭代运行shell命令。我有大约1000个条目
while read chr1 start end
do
maf_parse --start "$start" --end "$end"
done < Chr1.txt
3
的意思是使用文件描述符3而不是0(标准输入)作为输入文件描述符。这使程序能够读取标准输入(如果需要)。非常感谢!我不明白最后的while read -u 3 chr1 start end file junk
do
maf_parse --start "$start" --end "$end" > "$file"
done 3< Chr1.txt