Shell 如何验证文件格式

我写了这个shell脚本。我收到了第14行和第18行的错误消息，但我看不出有什么问题。脚本应该分析

*.fq

的每个文件。如果给定文件的前三个字符与“HWI”不匹配，则脚本将只回复“无效格式”，但如果它们匹配，则脚本将给出该文件中“HWI”行的数量

!/bin/sh
for f in *.fq
do
a="$(head -n1 $f)"
c="$(expr substr $a 2 3)"
echo $c
nr="$(grep -w "HWI" $f | wc -l)
if [ "$c"="HWI" ] ;
then
  echo $f |  "the number of read of $f is $nr"
else
  echo"Invalide Format"
fi
done

---

有人能解释我的错误是什么吗？

脚本中有几个语法问题，您可以使用类似的工具来检测一些错误。 缩进代码后，以下是您编写的代码的更正确（不完美）的版本：

for f in *.fq 
do 
    a=$(head -n1 "$f")
    c=$(expr substr "$a" 2 3)
    echo "$c"
    nr=$(grep -w "HWI" "$f" | wc -l)
    if [ "$c" == "HWI" ]; then
        echo "The number of read of $f is $nr"
    else 
        echo "Invalide Format"
    fi
done

• 不需要在美元左右加引号
• 无需向echo发送$f（不确定您想做什么）
• 使用引号“”包装变量以避免分词

我没有运行代码，因为我真的不知道您想要做什么，但至少语法应该更好。

您的代码经过优化：

#!/bin/sh
for f in *.fq
do
a="$(head -n1 $f)"
c=$(expr "substr $a 2 3")
echo $c
nr="$(grep -w "HWI" $f | wc -l)"
if [ "$c"="HWI" ] ;
then
  echo $f  "the number of read of $f is $nr"
else
  echo "Invalide Format"
fi
done

错误：

第1行：缺失#

第5行：使用

expr

第7行：缺少报价

第10行：使用

echo的语法错误

第12行：
echo后缺少空格

最后一行：缺少循环关闭
done

此测试
[“$c”=“HWI”]
将始终为真

[
命令根据收到的参数数量执行不同的操作。当给定1个参数时（不考虑强制的
]
最后一个参数），如果参数长度非零，则返回success

您正在将一个参数传递给
[
命令：
“$c”=“HWI”
——此字符串的长度至少为四个，因此显然不是零

对于字符串比较，需要在运算符周围加空格：
[“$c”=“HWI”]

有关如何解析
[
命令的所有详细信息，请参见以下内容：


我的重写：

#!/bin/bash
for f in *.fq; do
    read -N3 first3 < "$f"
    if [[ $first3 == "HWI" ]]; then
        echo "number of reads: $f: $(grep -Fwc HWI "$f")"
    else
        echo "Invalide Format: $f"
    fi
done

！/bin/bash
对于*.fq；do中的f
阅读-N3 first3<“$f”
如果[[$first3==“HWI”]；则
echo“读取次数：$f:$（grep-Fwc HWI“$f”）”
其他的
echo“无效格式：$f”
fi
完成
echo“foo”
是一个错误，因为您需要在命令和字符串之间留一个空格。
echo$var |“string”
是一个错误，除非
string
是一个命令（并且除非该命令从标准输入读取数据，否则不会执行任何有用的操作）。添加空格并从另一行
echo
中删除
$f |
。哦，还要告诉我们你得到的错误，这样我们就不必猜测了。此外，修复she-bang（
#！/bin/sh
），你的脚本没有18行，所以这可能只是一个摘录，但如果是这样的话，那么引用行号就毫无用处了。。。