&引用;至于;在shell中遍历目录的循环
我有一个由24个子目录组成的目录,没有时间顺序 我需要输入一个子目录,在那里解压一个文件,然后对解压后的文件调用“tophat”命令,然后移动到下一个子目录。循环应该使用这些命令遍历所有子目录。 我真的不知道如何创建这个循环(我需要它在显示器上运行,而不是按照数字顺序运行) (当然,使用RNA-seq结果的许多人都熟悉这个问题) 如果有人能帮我的话 我将非常感激使用&引用;至于;在shell中遍历目录的循环,shell,for-loop,subdirectory,Shell,For Loop,Subdirectory,我有一个由24个子目录组成的目录,没有时间顺序 我需要输入一个子目录,在那里解压一个文件,然后对解压后的文件调用“tophat”命令,然后移动到下一个子目录。循环应该使用这些命令遍历所有子目录。 我真的不知道如何创建这个循环(我需要它在显示器上运行,而不是按照数字顺序运行) (当然,使用RNA-seq结果的许多人都熟悉这个问题) 如果有人能帮我的话 我将非常感激使用查找: find /path -type d -print | \ while read path ; do ... don
查找:
find /path -type d -print | \
while read path ; do
...
done
注意:当文件名包含新行字符时,此循环中断。使用for循环时相同
for directory in `find /path -type d -print`
do
cd "$directory"
unzip zip_filename
sh zip_dir/script_file.sh &
done
tophat是否可以用作unzip-c文件| tophat
在find
的输出上迭代,这样不安全;当文件名包含当前分词字符时,它将中断。
for d in "/path/to/"*/
do
cd "$d" || continue
unzip the_file.zip
tophat the_file
done