SPARQL：如何将owl:equivalentClass转换为rdfs:subassof（owl:Restriction）属性？

我的问题是使用SPARQL查询一些owl本体，其中大量使用了

owl:Restrictions

（在我的例子中，这是“”

以下是一些典型条目的示例（以Turtle格式，从上述本体中提取）：

我没有做到的是从

rdfs:subclass

部分获取所有三个属性，然后将它们正确绑定到

subassof

类属性（然后过滤掉

obo:RO_0002215

会很容易）

编辑：我在这里取得了一些进展，一个新的SPARQL查询

EDIT2:Damyan Ognyanov的回答更新了SPARQL查询部分，该部分忽略了owl:intersectionOf part中的集合，并且更加紧凑/优雅

下面是我当前的SPARQL查询：

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX tpo: <http://www.definiens.com/ontologies/TissuePhenomicsOntology>
PREFIX cl: <http://purl.obolibrary.org/obo/cl.owl>
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX efo: <http://www.ebi.ac.uk/efo/efo.owl>

CONSTRUCT {
    ?cell rdfs:subClassOf [ rdf:type owl:Restriction ;
                            owl:onProperty ?cellProp ;
                            owl:someValuesFrom ?cellPropValue
                            ] .
    ?cellProp ?cellPropProp ?cellPropObj .
    ?cellPropValue ?cellPropValueProp ?cellPropValuePropValue .
    ?cell ?cellProp2 ?cellProp2Obj .
}

FROM named cl:
FROM named tpo:
WHERE {
    # query cl to get our information
    graph cl:
    {   
       ?cell (rdfs:subClassOf|(owl:equivalentClass/owl:intersectionOf/rdf:rest*/rdf:first)) ?x .
       ?x owl:onProperty ?cellProp ;
          owl:someValuesFrom ?cellPropValue .

        ?cellProp ?cellPropProp ?cellPropObj . 
        ?cellPropValue ?cellPropValueProp ?cellPropValuePropValue .
        ?cell ?cellProp2 ?cellProp2Obj .
    }

    # limit ?cell to the entries already present in TPO
    graph tpo:
    {
        ?cell rdfs:subClassOf* obo:CL_0000000 .
    }
}    

前缀rdfs:
前缀rdf：
前缀海外建筑运营管理局：
前缀tpo：
前缀cl:
前缀owl：
前缀efo：
构造{
？单元格rdf:子类[rdf:类型owl:限制；
owl:onProperty？cellProp；
猫头鹰：来自cellPropValue的一些值
] .
？cellProp？cellProp？cellPropObj。
？cellPropValue？cellPropValueProp？cellPropValuePropValue。
？cell？cellProp2？cellProp2Obj。
}
从命名cl：
来自命名tpo：
在哪里{
#查询cl以获取我们的信息
图cl：
{   
？单元格（rdf:子类|（owl:等价类/owl:相交/rdf:剩余*/rdf:第一））？x。
？x owl:onProperty？cellProp；
猫头鹰：来自cellPropValue的一些值。
？cellProp？cellProp？cellPropObj。
？cellPropValue？cellPropValueProp？cellPropValuePropValue。
？cell？cellProp2？cellProp2Obj。
}
#将？单元格限制为TPO中已存在的条目
图tpo：
{
？单元RDF：obo子类：CL_0000000。
}
}    

如果用

SELECT*

替换

CONSTRUCT

零件，则所有变量都已正确分配，信息就在那里

但是我仍然缺少一个适当的

构造

部分来重建“有些复杂的”

owl:Property

限制。因此，此查询主要返回一长串空白节点，例如Protege无法正确解析这些节点

@AKSW还正确地指出SPARQL可能不是查询和构造OWL图的首选工具。这里确实很清楚，人们需要知道精确的数据结构，以便至少以这种方式构建工作查询

？单元格（rdf:子类|（owl:等价类/owl:相交/rdf:剩余*/rdf:第一））？x。 ？x owl:onProperty？cellProp； 猫头鹰：来自cellPropValue的一些值

？cellProp？cellProp？cellPropObj。 ？cellPropValue？cellPropValueProp？cellPropValuePropValue。

---

？cell？cellProp2？cellProp2Obj.

owl:intersectionOf的值是一个RDF列表，上面的代码片段使用RDF列表语法枚举

owl:intersectionOf

集合的成员（例如，条目被括在

（

和

）

之间）

因此，您还应该在属性路径中包含

rdf:rest*/rdf:first

属性，因为这些属性用于构造集合

对于查询，我将引入一个附加变量来绑定兴趣限制，并使用它从中获取

owl:onProperty

和

owl:somevalues的值，例如，您的
where
子句可能类似于：

?cell (rdfs:subClassOf|(owl:equivalentClass/owl:intersectionOf/rdf:rest*/rdf:first)) ?x .
?x owl:onProperty ?cellProp ;
   owl:someValuesFrom ?cellPropValue .

?cellProp ?cellPropProp ?cellPropObj . 
?cellPropValue ?cellPropValueProp ?cellPropValuePropValue .
?cell ?cellProp2 ?cellProp2Obj .

您在Protege中看到的垃圾是由SPARQL查询创建的非法/不完整的OWL构造。RDF解析器确实无法正确解析OWL构造。我不明白您的WHERE部分。我想，这个想法是要“拆分”owl:equivalentClass公理？但是您的WHERE部分正在寻找
rdfs:subassof
确实这很愚蠢，我被示例中两次出现的相同信息（以及原始数据中的一些其他情况）欺骗了。我只是试图用
owl:equivalentClass
谓词替换
rdfs:subassof
，但这失败了，显然是因为
owl:intersection
的缘故。原始查询和修改查询的失败（尽管我没有更新问题）让我确信，我遗漏了关于如何查询这些典型owl结构的部分逻辑。问题是SPARQL是为RDF而设计的，尽管owl结构有RDF映射，这些可能由任意嵌套的三元组表示，因此，如果事先不知道发生的OWL构造，几乎不可能通过SPARQL实现这一点。为什么不使用为OWL制作的API，例如OWL API。将需要大约10行代码。使用SPARQL，您可以尝试使用属性路径的通配符模式
（|！）
（属性路径中不允许使用变量），但我不确定这最终是否会有所帮助。实际上，问题中的查询没有检索
owl:intersectionOf
集合的成员。谢谢，我更新了问题中的查询！我仍然有一些问题需要构建一个有效的本体，但我怀疑这个问题是无关的（在某个点上创建了一个空白节点，但没有定义它，因此protege停止并返回一个错误）。
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX tpo: <http://www.definiens.com/ontologies/TissuePhenomicsOntology>
PREFIX cl: <http://purl.obolibrary.org/obo/cl.owl>
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX efo: <http://www.ebi.ac.uk/efo/efo.owl>

CONSTRUCT {
    ?cell rdfs:subClassOf [ rdf:type owl:Restriction ;
                            owl:onProperty ?cellProp ;
                            owl:someValuesFrom ?cellPropValue
                            ] .
    ?cellProp ?cellPropProp ?cellPropObj .
    ?cellPropValue ?cellPropValueProp ?cellPropValuePropValue .
    ?cell ?cellProp2 ?cellProp2Obj .
}

FROM named cl:
FROM named tpo:
WHERE {
    # query cl to get our information
    graph cl:
    {   
       ?cell (rdfs:subClassOf|(owl:equivalentClass/owl:intersectionOf/rdf:rest*/rdf:first)) ?x .
       ?x owl:onProperty ?cellProp ;
          owl:someValuesFrom ?cellPropValue .

        ?cellProp ?cellPropProp ?cellPropObj . 
        ?cellPropValue ?cellPropValueProp ?cellPropValuePropValue .
        ?cell ?cellProp2 ?cellProp2Obj .
    }

    # limit ?cell to the entries already present in TPO
    graph tpo:
    {
        ?cell rdfs:subClassOf* obo:CL_0000000 .
    }
}    

?cell (rdfs:subClassOf|(owl:equivalentClass/owl:intersectionOf/rdf:rest*/rdf:first)) ?x .
?x owl:onProperty ?cellProp ;
   owl:someValuesFrom ?cellPropValue .

?cellProp ?cellPropProp ?cellPropObj . 
?cellPropValue ?cellPropValueProp ?cellPropValuePropValue .
?cell ?cellProp2 ?cellProp2Obj .