String 使用tr///运算符对字符串中的字母进行计数

我想计算序列或字符串中A、C和G的数量。我已经编写了以下代码

但当我打印值时，只打印A。C和G显示为零。 在下面的代码中，我首先计算A，但是如果我通过先计算C来切换顺序，我得到C的值，但是现在A和G被打印为零

谁能告诉我我的代码有什么问题吗？谢谢

#! /usr/bin/perl

use strict;
use warnings;

open(IN, "200BP_junctions_fasta.faa") or die "Cannot open the file: $!\n";
while(<IN>) 
    next if $_ =~ /\>/;
    my $a = ($_ = tr/A//);
    my $c = ($_ = tr/C//);
    my $g = ($_ = tr/G//);
    print "A:$a, C:$c, G:$g\n";
}

---

将您的

$\=tr/

更改为

$\=~tr/

。另外，您的

在
时缺少一个大括号，因为
'5'
中没有任何
'C'
或
'G'
s。您正在将
$\u
的翻译值分配给
$\u
。如果将（
$\u=~ tr/
）操作绑定到
$\u
，将得到所需的结果

但是您确实不需要绑定到上下文变量。绑定是为了可以将正则表达式或转换操作应用于另一个变量。你最好写下：

my $a = tr/A//;
my $c = tr/C//;
my $g = tr/G//;

但你也可以这样做：

$_{$_}++ foreach m/[ACG]/g;
say "A:$_{A}, C:$_{C}, G:$_{G}";

open（在“input”中）或die“无法打开文件：$！\n”；
while（）{
下一步如果$\=~/\>/；
我的$a={[m/（a）/g]}；
我的$c={[m/（c）/g]}；
我的$g={[m/（D）/g]}；
打印“A:$A，C:$C，G:$G\n”；
}
回答您需要绑定运算符，
=~
而不是赋值运算符0r，
=
，或者您不需要绑定默认变量

最近，我一直在使用
printf
来处理这类事情：

while( <DATA> ) {
    next if /\>/;
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", tr/A//, tr/C//, tr/G//;
    }

请注意，如果我在
中使用了
中的默认变量，而
中使用了
$\ucode>时，我会有一个冲突的额外麻烦。我知道我可以做一个
评估
，但这不仅仅是一个麻烦，而且：

while( my $line = <DATA> ) {
    next if $line =~ /\>/;
    print "Line is $_\n";
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", map { eval "\$line =~ tr/$_//" } qw(A C G);
    }

如果您不喜欢
tr///
，可能有一些聪明的方法来实现XOR字符串，但我从未花足够长的时间来研究它（并不是说它会比您已经在做的更好）。
谢谢。那是个新手犯的错误。
while( <DATA> ) {
    next if /\>/;
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", tr/A//, tr/C//, tr/G//;
    }

while( my $line = <DATA> ) {
    next if $line =~ /\>/;
    print "Line is $_\n";
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", map { $line =~ tr/$_// } qw(A C G);
    }

while( my $line = <DATA> ) {
    next if $line =~ /\>/;
    print "Line is $_\n";
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", map { eval "\$line =~ tr/$_//" } qw(A C G);
    }

while( my $line = <DATA> ) {
    next if $line =~ /\>/;
    print "Line is $line\n";
    printf "A:%s C:%s G:%s\n", map { count_bases( $line, $_ ) } qw(A C G);
    }

sub count_bases { eval "\$_[0] =~ tr/$_[1]//" }