String 需要打印输出文件中文件的第二列

已使用samtools查看我们的文件。我只需要抓取第二栏，所以我抓到了

./samtools view mybamfile.bam | awk '{ print $2 }' > output.txt

---

你会猜到那没用。。如果awk不是一个好的选择，我愿意尝试其他任何东西

我相信

/samtools view view mybamfile.bam

的输出是以制表符分隔的，因此AWK的字段分隔符应该设置为tab（

-F'\t'

），以便获得第二列

请尝试以下命令：

 ./samtools view mybamfile.bam | awk -F'\t' '{ print $2 }' > output.txt

将选项卡重新设置为分隔符：

如果未指定字段分隔符，AWK将在“白空间”（例如空格和制表符）上拆分，使用

-F'\t'

确保只在制表符上拆分，而不是在空格上拆分。这使得包含空格和制表符的文件有所不同。例如

irene adler john moriarty
frank pempleton tim bayliss

假设每行的两个名称之间有一个选项卡。如果制表符未指定为字段分隔符，AWK每行将看到4个字段，第2列将包含

adler

和

pempleton

。如果将tab指定为字段分隔符，AWK将只在每行上看到2字段，第2列将由

john moriatry

和

tim baylis

组成

---

在Linux下使用GNU Awk 3.1.6进行测试。

默认情况下，Awk将字段分隔符作为制表符。因此，如果字段分隔符确实是制表符，则您的命令应该有效。 您可以尝试以下方法：

./samtools view mybamfile.bam |cut -f2 -d'\t'

---

您能给出samtools的输出示例吗？如果您向我们展示了您的文件，这会有所帮助。Awk使用字段分隔符（默认为空格或制表符）分隔文件。这应该可以工作，但您可能需要指定分隔符是什么。除非您显示一些数据，否则我们只能猜测。@JaypalSingh true，但如果您只想在制表符上分隔，则需要指定它。如果您不指定任何内容，AWK将在空格和制表符上拆分，请使用

-F'\t'

确保它只在制表符上拆分，而不是在空格上拆分。