String 字符串中的字符位置

我有一个数据帧，在

列1

中有字符串，在

列2

中有ID。字符串包含

A、T、G或C

。 我想打印位置1处有

A

的行。 然后我想打印位置2处有

A

的行，依此类推，并将它们保存在单独的文件中。 到目前为止，我已经使用R中的biostrings进行了类似的分析，但它不能完全解决这个问题。我想使用perl

Sequence                ID
TATACAAGGGCAAGCTCTCTGT  mmu-miR-381-3p
TCGGATCCGTCTGAGCT       mmu-miR-127-3p
ATAGTAGACCGTATAGCGTACG  mmu-miR-411-5p
......
600 more lines

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生物管柱将完美地工作，并且速度相当快。让我们调用您的DNA stringset

mydata

HasA <- sapply(mydata,function(x) as.character(x[2]) == "A")

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HasA不确定预期结果

 mydata <- read.table(text="Sequence                ID
 TATACAAGGGCAAGCTCTCTGT  mmu-miR-381-3p
 TCGGATCCGTCTGAGCT       mmu-miR-127-3p
 ATAGTAGACCGTATAGCGTACG  mmu-miR-411-5p",sep="",header=T,stringsAsFactors=F)

  mCh <- max(nchar(mydata[,1])) #gives the maximum number of characters in the first column

 sapply(seq(mCh), function(i) substr(mydata[,1],i,i)=="A") #gives the index

使用索引
值
提取行。第一名

 mydata[res$values[res$ind==1],]
  #               Sequence             ID
# 3 ATAGTAGACCGTATAGCGTACG mmu-miR-411-5p

使用perl单行程序

perl -Mautodie -lane '
  BEGIN {($f) = @ARGV}
  next if $. == 1;
  my @c = split //, $F[0];
  for my $i (grep {$c[$_] eq "A"} (0..$#c)) {
    open my $fh, ">>", "$f.$i";
    print $fh $_;
  }
' file

第一次运行是
data[，1][order（子字符串（data[，1]，1，1））]
。所以你应该能够遍历每个字符串的字母谢谢，我来试试，如何从原始的输入矩阵中打印出每个位置都为真的行？
 mydata[res$values[res$ind==1],]
  #               Sequence             ID
# 3 ATAGTAGACCGTATAGCGTACG mmu-miR-411-5p

perl -Mautodie -lane '
  BEGIN {($f) = @ARGV}
  next if $. == 1;
  my @c = split //, $F[0];
  for my $i (grep {$c[$_] eq "A"} (0..$#c)) {
    open my $fh, ">>", "$f.$i";
    print $fh $_;
  }
' file