Unix 为FASTA文件编号

我有一个multiFASTA文件，即包含超过1个FASTA序列的文件。每个序列前面都有一个标题，如下所示：

>NC_005042.1 etc
>NC_003272.1 etc
>NC_003276.1 etc 
...

 >1
 >2
 >3
 ...

我想为数字重命名这些标题，因此输出如下：

>NC_005042.1 etc
>NC_003272.1 etc
>NC_003276.1 etc 
...

 >1
 >2
 >3
 ...

---

总之，对于一系列有序的数字，我需要替换“>”后面的每个标记。

当您知道标题都以

开头，而其他行不以开头时，您可以使用

awk 'BEGIN {nr=0} /^>/ {nr++; print ">" nr; next} {print}' fastafile

换句话说：在读取行之前，将变量nr设置为0。
当一行以

开头时，升起

nr

，用

nr

打印标题行，并跳过其余命令。
其余命令仅打印当前行

awk '/^>/ {nr++; print ">" nr; next} 1' fastafile

---

较短，使用默认值0 var awk变量和

1

后的默认打印操作。请显示您所做的事情和出错的地方

awk'BEGIN{nr=0}/^NC{nr++；print“>”nr；next}1'fastafile

可能是什么。我尝试了awk，与一个类似的案例进行比较，已经在这里问过：帖子中仍然没有代码……嗨，我无法发布代码，因为我不知道它看起来会是什么样子……你在我的评论中尝试过这个建议吗？