Visual studio 2013 C Visual Studio参考解析优先级

我有一个TFS项目，安装了一个NuGet包，它引用了该包中的一个程序集。但是，同一文件的另一个副本位于树中的文件夹中，它以某种方式覆盖了引用并被使用

即使我完全删除引用并手动将其指向正确的路径，另一个文件仍会被识别并覆盖该路径

实际情况：

Correct Reference Path: 
c:\Stratigen\Stratigen\packages\MonoGame.Binaries.3.2.0\build\net40\MonoGame.Framework.dll
Overriding Reference Path: 
c:\Stratigen\Stratigen\Stratigen\Tools\MonoGame.Framework.dll

工具中的文件需要存在，因为它是针对DirectX的SharpDX API包装构建的，用于为多个版本的MonoGame编译着色器，而游戏应该针对OpenGL版本运行，除非我有意更改某些内容

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特别奇怪的是，我一直把这个文件放在Tools文件夹中，好几个星期都没有遇到过这个问题，但现在它却有这种奇怪的行为。

似乎是因为在项目中包含了Tools目录。该文件夹已经由TFS处理，但由于其中有一些着色器的源文件，因此我将该文件夹包括在内。然而，出于某种原因，这使DLL优先于软件包中的DLL。我将重新添加源文件，但不是该文件夹中的DLL/EXE，然后应该可以正常工作