Yaml 在编织PDF时，如何让amsmath在RMarkdown中工作？

在RMarkdown中，我有一个文档要编织成pdf。文件中有我需要自动编号的方程式。我一直在使用

$$1+1=2\tag{1}$

约定来编写方程，但现在想切换到

\begin{equation}1+1=2\eq:this_eq\end{equation}

约定，这样我就可以对方程进行自动编号和轻松的交叉引用。我发现的少数在线资源让我觉得这应该是相当简单的。例如或。然而，在尝试这样做的过程中，我遇到了无尽的心碎

我将3.4.3版与tinytex发行版RStudio一起使用，并安装了bookdown（我仍然不确定是否真的需要它来实现我的目标）。这里有一个重复：

---
title: This title
author: "This guy"
date: "This date"
header-includes:
   - \usepackage{amsmath}
output:
  pdf_document:
    toc: yes
    toc_depth: '4'
    df_print: kable
    fig_caption: yes
    latex_engine: xelatex
mainfont: Calibri Light
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```
## Introduction

blah blah...

\begin{equation}
S = X \bar{P}
(\#eq:signals)
\end{equation}

## Later on

blah blah \@ref(eq:signals)

当我尝试“编织到PDF”时，我遇到了错误

! Package mathspec Error: `amsmath' must be loaded earlier than `mathspec'.

这已被报告为一个错误和“修复”，但我无法理解修复或遵循其指示。我所要求的是一套非常清晰的步骤，让我可以毫无意外地运行上面的repex

我尝试过的一些事情：

当我用

bookdown:：pdf\u document2

替换

pdf\u document

时，也会发生相同的错误。或者当我移除

header-includes:
   - \usepackage{amsmath}

而是把

includes:
  in_header: preamble.tex

在第

行latex\u engine:xelatex

之后，其中“preamble.tex”是一个记事本文件，其中包含第

\usepack{amsmath}

中的评论似乎表明，甚至没有必要在YAML选项中提及amsmath，这让我更加困惑。当我从YAML选项中删除对amsmath的任何提及时，我会收到错误，指出mathjax脚本无法识别，例如：

! Package amsmath Error: \bar allowed only in math mode.

---

当我尝试你的例子时，方程没有成功地标记

然后我将输出设置替换为

bookdown:：pdf\u book

。它起作用了

---
title: This title
author: "This guy"
date: "This date"
output:
  bookdown::pdf_book
mainfont: Calibri Light
---

```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
```

## Introduction

blah blah...

\begin{equation}
  S = X \bar{P}
  (\#eq:signals)
\end{equation}

## Later on

blah blah \@ref(eq:signals)