Arrays perl-如何在不使用变量进行比较的情况下替换数组中的空值？_Arrays_Perl_Suppress Warnings_Is Empty

Arrays perl-如何在不使用变量进行比较的情况下替换数组中的空值？

arrays perl

Arrays perl-如何在不使用变量进行比较的情况下替换数组中的空值？,arrays,perl,suppress-warnings,is-empty,Arrays,Perl,Suppress Warnings,Is Empty,我有一个数组，其中每个元素来自由tab分隔的一行初始代码： #!/usr/bin/perl -w use strict; 下面的代码是代码的一部分 sub parser_domains { my @params = @_; my $interpro_line = ""; my @interpro_vector = ( ); my $idr_sub_id = $params[0]; my $idr_sub_start = $params[1]+1; my $idr_sub_end = $p

我有一个数组，其中每个元素来自由tab分隔的一行

初始代码：

#!/usr/bin/perl -w
use strict;

下面的代码是代码的一部分

sub parser_domains {

my @params = @_;

my $interpro_line = "";
my @interpro_vector = ( );
my $idr_sub_id = $params[0];
my $idr_sub_start = $params[1]+1;
my $idr_sub_end = $params[2]+1;
my $interpro_id = "";
my $interpro_start_location = 0;
my $interpro_end_location = 0;
my $interpro_db = "";
my $interpro_length = 0;
my $interpro_db_accession = "";
my $interpro_signature = "";
my $interpro_evalue = "";
my $interpro_vector_size = 0;
my $interpro_sub_file= "";
my $idr_sub_lenght = ($idr_sub_end-$idr_sub_start)+1;

$interpro_sub_file = "$result_directory_predictor/"."$idr_sub_id/"."$idr_sub_id".".fsa.tsv";

#open file; if it fails, print a error and exits.
unless( open(TSV_FILE_DATA, $interpro_sub_file) ) {
        print "Cannot open file \"$interpro_sub_file\"\n\n";
        return;
}
my @interpro_file_line = <TSV_FILE_DATA>;
close TSV_FILE_DATA;

foreach $interpro_line (@interpro_file_line) {
    @interpro_vector = split('\t',$interpro_line);
    $interpro_id = $interpro_vector[0];
    $interpro_db = $interpro_vector[3];
    $interpro_db_accession = $interpro_vector[4];
    $interpro_start_location = $interpro_vector[6];
    $interpro_end_location = $interpro_vector[7];
    $interpro_signature = $interpro_vector[11];
    $interpro_length = ($interpro_end_location-$interpro_start_location) + 1;

    if ($interpro_signature eq ""){

            $interpro_signature = "NOPIR";
            printf IDP_REGION_FILE "\nFound a $interpro_db domain with no IPR: starts at $interpro_start_location and ends at $interpro_end_location\n";
            printf IDP_REGION_FILE "The size of $interpro_db domain in the sequence is $interpro_length\n";
            printf IDP_REGION_FILE "The IDR starts at $idr_sub_start and and ends at $idr_sub_end\n";
            printf IDP_REGION_FILE "The size of IDR is $idr_sub_lenght\n";
            domains_regions($idr_sub_start,$idr_sub_end,$interpro_start_location,$interpro_end_location,$interpro_signature,$interpro_length,$interpro_db,$idr_sub_id,$interpro_db_accession,$idr_sub_lenght);
    }
    else{
        for $entry_line (@entry_file_line) {
            @entry_vector =  split('\t',$entry_line);
            $entry_ac = $entry_vector[0];
            $entry_type = $entry_vector[1];
            $entry_name = $entry_vector[2];
            chomp($entry_name);

            if ($interpro_signature eq $entry_ac) {
                printf IDP_REGION_FILE "\nFound a $interpro_db domain with Interpro Signature $entry_ac: starts at $interpro_start_location and ends at $interpro_end_location\n";
                printf IDP_REGION_FILE "The size of $interpro_db domain in the sequence is $interpro_length\n";
                printf IDP_REGION_FILE "The Interpro Signature $entry_ac belongs to type $entry_type\n";
                printf IDP_REGION_FILE "The name of $entry_ac is $entry_name\n";
                printf IDP_REGION_FILE "The IDR starts at $idr_sub_start and ends at $idr_sub_end\n";
                printf IDP_REGION_FILE "The size of IDR is $idr_sub_lenght\n";  

                domains_regions($idr_sub_start,$idr_sub_end,$interpro_start_location,$interpro_end_location,$interpro_signature,$interpro_length,$interpro_db,$idr_sub_id,$interpro_db_accession,$idr_sub_lenght);
            }
        }
    }
}
}

脚本工作得很好，但是比较

$interpro\u签名eq”“

提供了一个警告

Use of uninitialized value $interpro_signature in string eq at /home/duca/eclipse-workspace/idps/idp_parser_interpro.pl line 666.

因此，我搜索并尝试在比较之前将空值替换到数组中。我想要“NOIPR”的空值。我正在研究9个完整的基因组，我有超过324000个蛋白质需要解析

如何替换数组中的空值

谢谢。

您的数组可能没有12个元素（或者第12个元素可能是

未定义的）
/
是最新版本
错误使用未初始化值
表示变量尚未初始化，或已设置为undef

定期查看和使用它。定期使用perl-Mdiagnostics…
对错误运行代码
使用警告
实际上比-w
更好

对问题进行实质性编辑的更新

从显示的数据来看，文件中似乎没有给出其他字段；所以用默认值证明所有变量，就像上面索引11
处的数组元素一样。总之，这就是你想要做的。例如，如果文件中有所有字段，但有些字段可能为空（两个选项卡之间没有任何内容）
这取决于列表中变量的顺序，变量容易出错；见下文。
如果某些字段根本不存在，那么可能还有（更多）工作要做
有太多单独的变量，它们都是相关的，并命名为$interpro\u X
（还有$idr\u Y
和$entry\u Z
，但数量较少且可能易于管理）

不能将它们捆绑到容器类型变量或数据结构中吗
哈希%interpro
似乎很合适，带有键X
（因此，$interpro{id}
等）。然后，您可以更轻松地使用它们，并可以在整个批次上执行一些操作。在初始化时，您仍然需要注意顺序，因为它们是按顺序读取的，但这样应该更清楚。比如说
my @interpro_vars   = qw(id db db_accesssion ...);
my @interpro_vector = qw(id_default db_default ...);
my %interpro;
@interpro{@interpro_vars} = @interpro_vector;
# or simply
@interpro{qw(id db ...)} = qw(id_default db_default ...);

我首先用键和值定义了数组，然后使用它们，以防以后需要在数组中使用这些列表。如果不是这样，您可以使用列表（最后一行）初始化哈希
这里
是一种将列表值列表
分配给列表键
中给定的哈希%h
的键集的方法。它们按照两个列表的给定顺序（大小最好匹配）一对一分配。hash的键前面有一个@
符号，因为这里有一个键列表，而不是hash。请注意，散列必须在某处声明。请参阅。
您的数组可能没有12个元素（或者第12个元素可能是未定义的）
/
是最新版本
错误使用未初始化值
表示变量尚未初始化，或已设置为undef

定期查看和使用它。定期使用perl-Mdiagnostics…
对错误运行代码
使用警告
实际上比-w
更好

对问题进行实质性编辑的更新

从显示的数据来看，文件中似乎没有给出其他字段；所以用默认值证明所有变量，就像上面索引11
处的数组元素一样。总之，这就是你想要做的。例如，如果文件中有所有字段，但有些字段可能为空（两个选项卡之间没有任何内容）
这取决于列表中变量的顺序，变量容易出错；见下文。
如果某些字段根本不存在，那么可能还有（更多）工作要做
有太多单独的变量，它们都是相关的，并命名为$interpro\u X
（还有$idr\u Y
和$entry\u Z
，但数量较少且可能易于管理）

不能将它们捆绑到容器类型变量或数据结构中吗
哈希%interpro
似乎很合适，带有键X
（因此，$interpro{id}
等）。然后，您可以更轻松地使用它们，并可以在整个批次上执行一些操作。在初始化时，您仍然需要注意顺序，因为它们是按顺序读取的，但这样应该更清楚。比如说
my @interpro_vars   = qw(id db db_accesssion ...);
my @interpro_vector = qw(id_default db_default ...);
my %interpro;
@interpro{@interpro_vars} = @interpro_vector;
# or simply
@interpro{qw(id db ...)} = qw(id_default db_default ...);

我首先用键和值定义了数组，然后使用它们，以防以后需要在数组中使用这些列表。如果不是这样，您可以使用列表（最后一行）初始化哈希
这里
是一种将列表值列表
分配给列表键
中给定的哈希%h
的键集的方法。它们按照两个列表的给定顺序（大小最好匹配）一对一分配。hash的键前面有一个@
符号，因为这里有一个键列表，而不是hash。请注意，散列必须在某处声明。请参阅。
问题在于第三行仅包含9个元素。所以
@interpro_vector = split('\t',$interpro_line);

对于该行，仅将9个元素分配给@interpro_vector
，但您随后访问$interpro_vector[11]
（即第12个元素），而该元素不存在。您现在可以检查@interpro_vector
是否包含（至少）12个元素：
if (@interpro_vector >= 12) {
    ...
}

或者，如果未定义$interpro\u向量[11]
，则可以使用as使用默认值：
$interpro_signature = $interpro_vector[11] // '';

上述行相当于
if (defined $interpro_vector[11]) {
    $interpro_signature = $interpro_vector[11];
} else {
    $interpro_signature = '';
}

现在
将起作用。
问题是您的第三行仅包含9个元素。所以
@interpro_vector = split('\t',$interpro_line);

对于该行，仅将9个元素分配给@interpro\u vector
，但您可以在中访问$
$interpro_signature = $interpro_vector[11] // '';

if (defined $interpro_vector[11]) {
    $interpro_signature = $interpro_vector[11];
} else {
    $interpro_signature = '';
}

if ($interpro_signature eq "") {
    ...
}