Arrays Perl：为DNA序列的对数赔率分数创建和操作数组散列_Arrays_Perl_Hash

Arrays Perl：为DNA序列的对数赔率分数创建和操作数组散列

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Arrays Perl：为DNA序列的对数赔率分数创建和操作数组散列,arrays,perl,hash,Arrays,Perl,Hash,又是我。我在创建数组散列时遇到困难，即使在查看文档之后也是如此。我希望HoA包含DNA序列中一个基序（较小序列）的对数优势分数。我希望结构看起来像： $HoA{$id}[$pos] = #score based on the position 其中，$id是序列id，$pos是序列中基序开始的位置。我输入一个包含DNA序列的.txt文件，其格式如下： >Sequence_1 TCAGAACCAGTTATAAATTTATCATTTCCTTCTCCACTCCT >Sequence_2

又是我。我在创建数组散列时遇到困难，即使在查看文档之后也是如此。我希望HoA包含DNA序列中一个基序（较小序列）的对数优势分数。我希望结构看起来像：

$HoA{$id}[$pos] = #score based on the position

其中，

$id

是序列id，

$pos

是序列中基序开始的位置。我输入一个包含DNA序列的.txt文件，其格式如下：

>Sequence_1
TCAGAACCAGTTATAAATTTATCATTTCCTTCTCCACTCCT
>Sequence_2
CCCACGCAGCCGCCCTCCTCCCCGGTCACTGACTGGTCCTG
>Sequence_3
TCGACCCTCTGGAACCTATCAGGGACCACAGTCAGCCAGGCAAG

例如：序列1的位置2处的基序为“AGA”。下面是我到目前为止的代码（简化了一点）：

因此，序列1中从位置2开始的图案“AGA”的对数赔率得分为0.6。我感谢你的耐心和帮助！如果我需要澄清任何事情，请告诉我。

我发现您的代码中存在一些问题。请考虑以下几行：

$HoA{$id} = [ split(//) ];  # Splits the contents to allow for position reference later
$loscore{$id} .= 0;  # Creates a hash with each id number to have a log-odds score (initial score 0)
$maxscore{$id} .= -30;  # Creates a hash with each id number to have a maxscore (initial score -30)

根据您的评论，您似乎希望用0和-30初始化

%loscore

和

%maxscore

的条目。但是，您使用的是

运算符（附加字符串），而不是使用良好的旧

符号。我不认为这是你想要的，所以考虑改变<代码> .= <代码>只是<代码> = ./P> （或者您可能打算改用

/=

。这样，如果

%loscore

和

%maxscore

已经有

$id

项，它不会被覆盖。但只有您可以确定是否打算使用

/=

运算符。）

现在让我们看看

$loscore{$id}=0

。这告诉我们，

%loscore

是一个散列（或“关联数组”），对于每个条目，键采用$id，值采用数字

但是，在代码的更深处，您有：

@{ $loscore{$id} } = @arr;

$loscore{$id}

被

${…}

包装的事实告诉我们，

%loscore

中的值是数组引用。但我们已经在上面确定了它的值是数字

由于将数字视为数组引用，Perl将其视为错误

你可能想写的是：

@{ $HoA{$id} } = @arr;

由于

%HoA

散列的值包含数组引用，因此有必要将其作为数组取消引用。

我在代码中看到一些问题。请考虑以下几行：

$HoA{$id} = [ split(//) ];  # Splits the contents to allow for position reference later
$loscore{$id} .= 0;  # Creates a hash with each id number to have a log-odds score (initial score 0)
$maxscore{$id} .= -30;  # Creates a hash with each id number to have a maxscore (initial score -30)