在awk中设置默认数字格式

我想用ID和一些相应的数值对两个文件进行简单的解析。我不想让awk用科学记数法打印数字

文件如下所示：

someid-1 860025 50.0401 4.00022
someid-2 384319 22.3614 1.78758
someid-3 52096 3.03118 0.242314
someid-4 43770 2.54674 0.203587
someid-5 33747 1.96355 0.156967
someid-6 20281 1.18004 0.0943328
someid-7 12231 0.711655 0.0568899
someid-8 10936 0.636306 0.0508665
someid-9 10224.8 0.594925 0.0475585
someid-10 10188.8 0.59283 0.047391

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} NR==FNR{x[$1]=$0;next} ($1 in x){split(x[$1],k,FS); printf "%s\t%3.6f\t%3.6f\t%3.6f\t%3.6f\t%3.6f\t%3.6f\n", $1,k[2],k[3],k[4],$2,$3,$4}' file1.txt file2.txt > fileout.txt

使用print而不是printf时：

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} NR==FNR{x[$1]=$0;next} ($1 in x){split(x[$1],k,FS); print $1,k[2],k[3],k[4],$2,$3,$4}' OSCAo.txt dme_miRNA_PIWI_OSC.txt | sort -n -r -k 7 | head

我得到这个结果：

dme-miR-iab-4-5p      0.333333    0.000016    0.000001  0.25    0.000605606 9.36543e-07
dme-miR-9c-5p   10987.300000      0.525413    0.048798  160.2   0.388072    0.000600137
dme-miR-9c-3p   731.986000    0.035003    0.003251  2.10714 0.00510439  7.89372e-06
dme-miR-9b-5p   30322.500000      1.450020    0.134670  595.067 1.4415  0.00222922
dme-miR-9b-3p   2628.280000   0.125684    0.011673  48  0.116276    0.000179816
dme-miR-9a-3p    10.365000    0.000496    0.000046  0.25    0.000605606 9.36543e-07
dme-miR-999-5p  103.433000    0.004946    0.000459  0.0769231   0.00018634  2.88167e-07
dme-miR-999-3p  1513.790000   0.072389    0.006723  28  0.0678278   0.000104893
dme-miR-998-5p  514.000000    0.024579    0.002283  73  0.176837    0.000273471
dme-miR-998-3p  3529.000000   0.168756    0.015673  42  0.101742    0.000157339

注意最后一列中的科学符号

我知道带有适当格式修改器的printf可以完成这项工作，但是代码变得非常冗长。我必须这样写：

someid-1 860025 50.0401 4.00022
someid-2 384319 22.3614 1.78758
someid-3 52096 3.03118 0.242314
someid-4 43770 2.54674 0.203587
someid-5 33747 1.96355 0.156967
someid-6 20281 1.18004 0.0943328
someid-7 12231 0.711655 0.0568899
someid-8 10936 0.636306 0.0508665
someid-9 10224.8 0.594925 0.0475585
someid-10 10188.8 0.59283 0.047391

awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"} NR==FNR{x[$1]=$0;next} ($1 in x){split(x[$1],k,FS); printf "%s\t%3.6f\t%3.6f\t%3.6f\t%3.6f\t%3.6f\t%3.6f\n", $1,k[2],k[3],k[4],$2,$3,$4}' file1.txt file2.txt > fileout.txt

当我必须用另一个结构类似的文件解析

fileout

时，这会变得很笨拙

---

是否有任何方法可以指定默认的数字输出，这样任何字符串都可以像字符串一样打印，但所有数字都遵循特定的格式。

我认为您误解了

%3.6f

的含义。小数点前的第一个数字是字段宽度，而不是“小数点前的位数”。（见附件）

awk 'NR==FNR{x[$1]=$0;next} ($1 in x){split(x[$1],k,FS); printf "%s\t%9s\t%9s\t%9s\t%9s\t%9s\t%9s\n", $1,k[2],k[3],k[4],$2,$3,$4}' file1.txt file2.txt > fileout.txt

因此，您应该使用

%10.6f

。可以在

bash

$ printf "%3.6f\n%3.6f\n%3.6f" 123.456 12.345 1.234
123.456000
12.345000
1.234000
$ printf "%10.6f\n%10.6f\n%10.6f" 123.456 12.345 1.234
123.456000
 12.345000
  1.234000

您可以看到后者正确地与小数点对齐

正如Sidhart c nadhan所述，您可以使用

OFMT

awk

内部变量（seem）。例如：

$ awk 'BEGIN{print 123.456; print 12.345; print 1.234}'
123.456
12.345
1.234
$ awk -vOFMT=%10.6f 'BEGIN{print 123.456; print 12.345; print 1.234}'
123.456000
 12.345000
  1.234000

正如我在您的示例中看到的，最大位数的数字可以是123456.1234567，因此格式

%15.7f

涵盖了所有内容并显示了一个漂亮的表格

但不幸的是，如果数字中没有小数点，或者即使有小数点，但它以

.0

结尾，则它将不起作用

$ awk -vOFMT=%15.7f 'BEGIN{print 123.456;print 123;print 123.0;print 0.0+123.0}'
    123.4560000
123
123
123

我甚至尝试了

gawk

的

strtonum（）

函数，但整数被视为非OFMT字符串。看

awk -vOFMT=%15.7f -vCONVFMT=%15.7f 'BEGIN{print 123.456; print strtonum(123); print strtonum(123.0)}'

它的输出与以前相同

所以我认为，无论如何，您必须使用

printf

。脚本可以稍微短一点，并且更易于配置：

awk -vf='\t'%15.7f 'NR==FNR{x[$1]=sprintf("%s"f f f,$1,$2,$3,$4);next}$1 in x{printf("%s"f f f"\n",x[$1],$2,$3,$4)}' file1.txt file2.txt

---

如果第一个文件中存在重复的ID，脚本将无法正常工作。如果没有发生，则可以更改这两个条件，并且

；下一步

可以省略。

我想你误解了

%3.6f

的含义。小数点前的第一个数字是字段宽度，而不是“小数点前的位数”。（见附件）

因此，您应该使用

%10.6f

。可以在

bash

$ printf "%3.6f\n%3.6f\n%3.6f" 123.456 12.345 1.234
123.456000
12.345000
1.234000
$ printf "%10.6f\n%10.6f\n%10.6f" 123.456 12.345 1.234
123.456000
 12.345000
  1.234000

您可以看到后者正确地与小数点对齐

正如Sidhart c nadhan所述，您可以使用

OFMT

awk

内部变量（seem）。例如：

$ awk 'BEGIN{print 123.456; print 12.345; print 1.234}'
123.456
12.345
1.234
$ awk -vOFMT=%10.6f 'BEGIN{print 123.456; print 12.345; print 1.234}'
123.456000
 12.345000
  1.234000

正如我在您的示例中看到的，最大位数的数字可以是123456.1234567，因此格式

%15.7f

涵盖了所有内容并显示了一个漂亮的表格

但不幸的是，如果数字中没有小数点，或者即使有小数点，但它以

.0

结尾，则它将不起作用

$ awk -vOFMT=%15.7f 'BEGIN{print 123.456;print 123;print 123.0;print 0.0+123.0}'
    123.4560000
123
123
123

我甚至尝试了

gawk

的

strtonum（）

函数，但整数被视为非OFMT字符串。看

awk -vOFMT=%15.7f -vCONVFMT=%15.7f 'BEGIN{print 123.456; print strtonum(123); print strtonum(123.0)}'

它的输出与以前相同

所以我认为，无论如何，您必须使用

printf

。脚本可以稍微短一点，并且更易于配置：

awk -vf='\t'%15.7f 'NR==FNR{x[$1]=sprintf("%s"f f f,$1,$2,$3,$4);next}$1 in x{printf("%s"f f f"\n",x[$1],$2,$3,$4)}' file1.txt file2.txt

---

如果第一个文件中存在重复的ID，脚本将无法正常工作。如果没有发生，则可以更改这两个条件，并且

；下一步

可以省去。

如果使用%9s本身而不是%3.6f，它会按照您想要的方式工作吗？

OFMT

在字符串转换为数字时使用，反之则使用

CONVFMT

，请参阅我的讨论了解更多细节。我不知道如何将你的例子转换为使用这个，因为我不清楚你想做什么。@Thor。谢谢更正了这个问题。。我想知道是否有任何方法可以在

BEGIN

模块中指定默认的数字输出格式如果使用%9s本身而不是%3.6f，它会按照您想要的方式工作吗？

OFMT

在字符串转换为数字时使用，反之则使用

CONVFMT

，请参阅我的讨论了解更多详细信息。我不知道如何将你的例子转换为使用这个，因为我不清楚你想做什么。@Thor。谢谢更正了这个问题。。我想知道是否有任何方法可以在

BEGIN

moduleTanks.中指定默认的数字输出格式。。但是它仍然不能解决科学记数法的问题。例如，5-e06应打印为0。0000005@bharat_iyengar：是的。请参见

echo 5e-6 | awk'{printf（“%14.6f”，$1）}

prints

“0.000005”

。这是意料之中的事，不是吗？是的。。但是，如果要打印多个数字字段，并且不想为每个字段写入

%10.6f

：可能吗？@bharat_iyengar:我也检查了mt和

CONVFMT

的“正常”

，但这并不能解决只包含数字的字符串被视为整数而不是浮点的问题，因此，不使用这些已定义的格式（请参阅）。但这也适用于像
123.0
这样的数字。因此，要将整数打印为浮点，必须使用
printf
。在提供的解决方案中，只需指定一次输出格式。这不是解决您问题的正确方法吗？@bharat_iyengar:正如我所展示的，您可以设置
浮点
数字的格式，但它对
整数
不起作用（awk将123.0视为整数）。因此，如果将它们混合使用，则需要使用
printf
。但是您可以减少格式字符串的使用数量。看看我的例子，谢谢。。但是它仍然不能解决科学记数法的问题。例如，5-e06应打印为0。0000005@bharat_iyengar：是的。请参见
echo 5e-6 | awk'{printf（“%14.6f”，$1）}
prints
“0.000005”
。这是意料之中的事，不是吗？是的。。但是如果要打印多个数字字段，并且不想为每个字段写入
%10.6f
：是否可能