Bash 尝试使用相对表达式返回文件名

因此，我试图使用bash返回对同一样本的两次读取，我需要为以下相同样本号的函数获取两个输入

但是，代码只返回样本号，如

path/to/file/*\u S1\u*\ u read1\u*.fq.gz

将通配符

*

保留在变量中

我也尝试过用

^

和

~=

引导，但都没有修复它。我觉得这很简单，但我无法确定我把事情搞砸了

---

例如，示例1的目标是使

F1

等于

restoffilename\u S1\u read1\u restoffile.fq.gz

引用处理包含空格的文件名的路径：

for SAMPLE in {1..6} 
do
#set input file 1 to "FL1", input file 2 to "FL2"
FL1=path/to/file/*_S${SAMPLE}_*_read1_*.fq.gz
FL2=path/to file/*_S${SAMPLE}_*_read2_*.fq.gz
{code continue to another funtion}

或者使用命令替换（记录在

manbash

中的“命令替换”部分）：

---

如果存在匹配项，星号将不会展开。

FL1=（path/to/file/*\u S${SAMPLE}\u*\u read1.*.fq.gz）

通配符表达式在某些情况下只会展开到匹配文件名的列表中，而赋值的右侧不是其中之一。如何使用变量/文件名？因此，我有大量NGS样本（比如30个样本，每个样本读取2次），我需要通过一个清理程序运行它们，其中每个样本的每个命令都需要两个输入read 1和read 2，但输入文件必须来自同一个样本。在任何人询问生物信息学之前，表单会说这是一个bash问题，因为它与任何包无关。我会使用

/bin/ls

而不是裸

ls

。是的，如果

ls

有别名，这会有所帮助。或

命令ls

。答案更新在我的案例中，ls是.bashrc:

ls（）{LC_COLLATE=“C”$LSBIN-la--ignore=lost+found--color=always--block size=“'1”“$@”|$LESSBIN-S}

。我不需要你对LSBIN和LESSBIN进行扩展我只想使用

echo

而不是

ls

（或它的任何变体）。通配符扩展将在文件名传递给任何命令之前完成，并且（希望）唯一要做的事情是查看每个文件，对其本身说“是的，那是一个文件”，然后打印它。“是的，那是一个文件”步骤是浪费时间，如果

ls

做了很多其他事情，那么很可能造成麻烦而不是帮助

echo

不需要任何麻烦，它只做了您需要的部分：打印它得到的参数。在做了更多的测试之后，我发现

FILE=dir/*.gz

和

FILE=$（echo dir/*.gz）

给出了相同的输出。当没有匹配项时，星号将不会展开。

FL1="path/to/file/*_S${SAMPLE}_*_read1_*.fq.gz"

FL1=$(echo "path/to/file/*_S${SAMPLE}_*_read1_*.fq.gz")