Bash 如何指定文件'；作为输入目录的一部分的名称？

我有一个目录中的文件，格式为

我想运行一个包含文件名作为输入的命令。地址路径是

/用户/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_数据集/UsableNii/0163-301_02_29_2008_off.nii

等等

到目前为止，我已经知道这是我写的代码

for file in *_on.nii; do

set fileroot = ${file} cut -b 1-78
echo $fileroot

/usr/local/fsl414/bin/flirt -in $file  -ref /Users/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_datasets/UsableNii/$fileroot_off.nii -out /Users/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_datasets/UsableNii/$fileroot_ontooff -omat /Users/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_datasets/UsableNii/$fileroot_ontooff.mat -bins 256 -cost corratio -searchrx -90 90 -searchry -90 90 -searchrz -90 90 -dof 6  -interp trilinear

done

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但是，$fileroot集不会出现在指定的路径中，它只输出一个空格。

首先修复变量命名：

for files in *_on.nii; do
    ^^^^^- files with an S

set fileroot = ${file} cut -b 1-78
                 ^^^^-- -file WITHOUT an S

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不要使用

set

，因为它的目的是操作shell选项/变量，请使用以下命令：

fileroot="$(echo ${file} | cut -b 1-78)"

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还要确保将对

fileroot

变量的引用用大括号括起来，即

${fileroot}\u ontoff

来分隔变量名我不太明白您的意思，但是如果您想从

0163-301\u 02\u 29\u 2008\u on.nii

更改为

0163-301\u 02\u 29\u 2008\u off.nii

：

cd /Users/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_datasets/UsableNii
for on_file in *_on.nii; do
    off_file=$PWD/${on_file/on.nii/off.nii}
    # Do something with off_file
done

以上内容将“on.nii”替换为“off.nii”

更新

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我更改了代码，以包含每个请求的完整路径。

很抱歉，我之前已经更正了它，但遇到了相同的问题。

集合

也不正确。这不是你调用剪切的方式，或者传递一个文件名来剪切…你能帮我纠正一下吗？我对bash编码非常陌生，不确定这部分有什么问题。我如何才能将这个off_文件放到一个路径中？例如

/Users/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_datasets/UsableNii/$off_file

如果您已经在该目录中，请使用变量$PWD。查看我的更新代码。我尝试了这一点，但它似乎将其理解为

'/Users/jjuan/Documents/MTAutism/new\u MTR\u dataset/UsableNii/\u ontoff'

echo$文件的输出是什么；echo${file}| cut-b1-78？您是否需要按字节、按字符进行剪切，

-c

，可能更易于阅读。我将其更改为-c。我得到的输出是

-bash:local:只能用于函数**错误（nifti\u image\u read）：无法找到“/Users/jjuan/Documents/MTAutism/new\u MTR\u dataset/UsableNii/”的头文件**错误：nifti\u image\u open”（/Users/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_datasets/UsableNii/）：错误的标题信息

抱歉，请删除

本地

，正如错误所述，它仅在函数内部可用

cd /Users/jjuan/Documents/MTAutism/new_MTR_datasets/UsableNii
for on_file in *_on.nii; do
    off_file=$PWD/${on_file/on.nii/off.nii}
    # Do something with off_file
done