使用jupyter和ipython的bash与R（irkernel）的区别

我有一个jupyter/ipython笔记本，其中包含以下bash脚本，使用%%magic搜索目录并将命令应用于与“bam”文件扩展名匹配的文件

%%bash
cd ../data/raw/Alignment_Files/
echo "starting"
for file in *; do
    echo "testing" $file
    if [[ $file = *bam ]]; then
        echo "Processing" $file
        # do something interesting...
    fi
done

我正在尝试使用一个R内核（irkernel）将它移植到另一个笔记本上，并提出了这个方法

system('cd ../data/raw/Alignment_Files/
echo "starting"
for file in *; do
    echo "testing" $file
    if [[ $file = *bam ]]; then
        echo "Processing" $file
        # do something interesting...
    fi
done',
intern=TRUE)

---

然而，if/then循环不起作用，我尝试了很多变化，但都没有成功。R版本给出了“启动”和“测试”调试消息，但if循环从不执行。我的猜测是一个角色需要转义，但我无法理解。

多亏了Eric Renouf的评论，我通过使用shell工具（grep）而不是任何特定于bash的工具找到了解决方案。因为irkernel使用的是系统shell，而不是bash

system('cd ../data/raw/Alignment_Files/
echo "starting"
for file in *; do
    echo "testing" $file
    if echo "$file" | grep "bam$"; then
        echo "Processing" $file
        # do something interesting...
    fi
done',
intern=TRUE)

---

system

在大多数情况下可能使用

sh

，而不是

bash

。因此，在这两个示例中，您使用的是不同的shell——尽管您使用的是bash syntaxIs，但有一个原因，您不只是在python中使用

os.walk

来实现这一点，而不是使用shell来实现它？