Bash 查找丢失的ID

我下面有两个文件，每行包含一个ID。但是，其中一个文件包含的ID少于两个

$> grep ">" output.racon-1.fasta | wc -l
6492
$ grep ">" output.racon-2.fasta | wc -l
6490

哪两个ID缺失怎么可能

文件1

$ grep ">" output.racon-1.fasta | head
>utg000001l
>utg000002l
>utg000003l
>utg000004l
>utg000005l
>utg000006l
>utg000007l
>utg000008l
>utg000009l
>utg000010l

$ grep ">" output.racon-1.fasta | tail
>utg006483l
>utg006484l
>utg006485l
>utg006486l
>utg006487l
>utg006488l
>utg006489l
>utg006490l
>utg006491l
>utg006492l

文件2

$ grep ">" output.racon-2.fasta | head
>utg000001l
>utg000002l
>utg000003l
>utg000004l
>utg000005l
>utg000006l
>utg000007l
>utg000008l
>utg000009l
>utg000010l

$ grep ">" output.racon-2.fasta | tail
>utg006483l
>utg006484l
>utg006485l
>utg006486l
>utg006487l
>utg006488l
>utg006489l
>utg006490l
>utg006491l
>utg006492l

---

提前谢谢，

一个简单的

diff

和

sort

可以完成以下工作：

diff <(grep ">" output.racon-1.fasta | sort) <(grep ">" output.racon-2.fasta | sort)

---

<代码> diff.p>作为使用<代码>差异> /代码>的替代方案，可以考虑使用<代码>连接< /代码>。如果对文件进行了排序，这可以告诉您：（不带选项）它们有共同的行；使用

-v1

第一个文件中不在第二个文件中的行；使用

-v2

仅出现在第二个文件中的行

因此，在您的实例中，如果您认为第二个文件是第一个文件的子集，您可以使用

join -v1 <(grep ">" output.racon-1.fasta) <(grep ">" output.racon-2.fasta)

---

join-v1是否已排序？如果是这样，您可以使用
diff
您是否尝试过
diff-u output.racon-1.fasta output.racon-2.fasta
？
grep-Fxvf file1 file2
comm-3 file1 file2
如果排序的话应该是好的。如果ID像您的示例中那样单调增加，您只想找到序列中缺少的一个，将
grep
配管至
nl
并手动检查两个数字列的分歧处是否足够。或者您可以编写一个简单的Awk脚本来查看跳过数字的位置。
join -v1 <(grep ">" output.racon-1.fasta | sort) <(grep ">" output.racon-2.fasta | sort)