Bash 如何通过'；对于'；命令

我有多个样本，R1和R2读取为fastq.gz格式（这些文件相互补充）。我想在所有文件上运行BWA mem paired end parallel，一旦完成，每个R1和R2补充文件应生成一个sam文件。现在我正在根据两次读取制作两个sam文件

这是我想出来的，但它没有做我需要它做的事情

for i in `find -maxdepth 2 -iname *fastq.gz -type f`; do
   echo "bwa mem -t 12 /H.Sapiens/ucsc.hg19.fasta  ${i}_R1_001.fastq.gz  ${i}_R2_001.fastq.gz > ${i}_R1_R2.sam"
done

当它运行时，它看起来像这样

bwa mem -t 12 /H.Sapiens/ucsc.hg19.fasta  ./Sample_0747/0747_CGG_L001_R2_001.fastq.gz_R1_001.fastq.gz ./Sample_0747/0747_CGG_L001_R2_001.fastq.gz_R2_001.fastq.gz > ./Sample_0747/0747_CGG_L001_R2_001.fastq.gz_R1_R2.sam

bwa mem -t 12 H.Sapiens/ucsc.hg19.fasta  ./Sample_0748/0748_CCA_L001_R1_001.fastq.gz_R1_001.fastq.gz ./Sample_0748/0748_CCA_L001_R1_001.fastq.gz_R2_001.fastq.gz > ./Sample_0748/0748_CCA_L001_R1_001.fastq.gz_R1_R2.sam
-bash-4.1$

我知道问题出在我身上，但我该如何解决？ 非常感谢

试试看

find -maxdepth 2 -iname \*fastq.gz -type f |
sed 's/_R[12]_001\.fastq\.gz$//' |
sort -u | 
while IFS= read -r f; do
   echo "bwa mem -t 12 /H.Sapiens/ucsc.hg19.fasta \"${f}_R1_001.fastq.gz\"  \"${f}_R2_001.fastq.gz\" > \"${f}_R1_R2.sam\""
done

*。首先，出于理智的考虑，将代码放入脚本中，如

cat > script < SCRIPT
  for i; do
    bwa mem -t 12 /H.Sapiens/ucsc.hg19.fasta "${i}_R"{1,2}_001.fastq.gz > "${i}_R1_R2.sam"
  done
SCRIPT
chmod +x script

或

*它表示“解析

ls

”，但它适用于解析任何用于人类消费的命令<代码>查找被明确调用

---

另一方面，如果在

find

的参数周围不加引号，shell可能会将它们解释为globs

find -iname *fastq.gz

可以扩展到

find -iname foofastq.gz barfastq.gz bazfastq.gz

你想要

find -iname '*fastq.gz'

---

如你所见，有两个不同的答案。因此，您可以添加

想要的输出

示例…；）

find -iname foofastq.gz barfastq.gz bazfastq.gz

find -iname '*fastq.gz'