Warning: file_get_contents(/data/phpspider/zhask/data//catemap/5/bash/16.json): failed to open stream: No such file or directory in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 167

Warning: Invalid argument supplied for foreach() in /data/phpspider/zhask/libs/tag.function.php on line 1116

Notice: Undefined index: in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 180

Warning: array_chunk() expects parameter 1 to be array, null given in /data/phpspider/zhask/libs/function.php on line 181
Bash 在文本文件中计数/自动填充_Bash_Automation - Fatal编程技术网

Bash 在文本文件中计数/自动填充

Bash 在文本文件中计数/自动填充,bash,automation,Bash,Automation,我有一个非常简单的linux bash脚本: blastn -db database -evalue 1e-5 -query 001.fasta -out 001.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1 & blastn -db database -evalue 1e-5 -query 002.fasta -out 002.blast.txt -best_

我有一个非常简单的linux bash脚本:

blastn -db database -evalue 1e-5 -query 001.fasta -out 001.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1 &
blastn -db database -evalue 1e-5 -query 002.fasta -out 002.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1 

我需要做360001…360次。是否可以自动生成这些行,每行001向上+1?它基本上与excel中的自动填充相同,可以对列执行文本填充,写入新行,然后再次连接。只有-query和-out中的两个数字应该更改。

您可以使用bash for循环来实现这一点

这将是该链接的相关示例

#!/bin/bash
for i in {1..5}
do
   echo "Welcome $i times"
done
所以对于你的例子,它看起来像这样

#!/bin/bash
for i in {1..360}
do
  blastn -db database -evalue 1e-5 -query $i.fasta -out $i.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1
done