Bash 在文本文件中计数/自动填充
我有一个非常简单的linux bash脚本:Bash 在文本文件中计数/自动填充,bash,automation,Bash,Automation,我有一个非常简单的linux bash脚本: blastn -db database -evalue 1e-5 -query 001.fasta -out 001.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1 & blastn -db database -evalue 1e-5 -query 002.fasta -out 002.blast.txt -best_
blastn -db database -evalue 1e-5 -query 001.fasta -out 001.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1 &
blastn -db database -evalue 1e-5 -query 002.fasta -out 002.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1
我需要做360001…360次。是否可以自动生成这些行,每行001向上+1?它基本上与excel中的自动填充相同,可以对列执行文本填充,写入新行,然后再次连接。只有-query和-out中的两个数字应该更改。您可以使用bash for循环来实现这一点 这将是该链接的相关示例
#!/bin/bash
for i in {1..5}
do
echo "Welcome $i times"
done
所以对于你的例子,它看起来像这样
#!/bin/bash
for i in {1..360}
do
blastn -db database -evalue 1e-5 -query $i.fasta -out $i.blast.txt -best_hit_overhang 0.1 -best_hit_score_edge 0.1 -outfmt 6 -max_target_seqs 1
done