Bash 使用备用GCC构建R包

我使用的系统在/usr/local/bin/GCC中有GCC4.5（实验版），这对于一些R包来说是有问题的。我想改为在/usr/bin/GCC中使用系统GCC

我曾尝试在Bash配置文件（.bashrc、.Bash_profile等）以及命令行中设置CC和CXX，但尽管Bash能够识别更改，R却无法识别

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如何让R使用/usr/bin中的GCC版本而不是/usr/local/bin/中的GCC版本

检查路径，查看/usr/local/bin是否位于/usr/bin之前。如果是，只需确保/usr/bin排在第一位：

PATH=/usr/bin:${PATH}

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（如果/usr/bin重复出现两次也没关系）。

这没有很好的文档记录（例如，我现在无法在'R Extension'或'R Admin'中找到它），但Brian Ripley在列表中多次提到它

基本上，在R编译时，设置被注册并存储在

$R\u HOME/etc/Makeconf

中。一种可能是直接编辑该文件，但您可能没有root权限或不想影响所有其他用户。因此，更好的做法可能是创造

~/.R/Makevars

有条目

CC=gcc-4.4
CXX=g++-4.4

加上您想要设置的选项标记等。这将影响

R CMD INSTALL

或

R CMD check

或。。。你跑了

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$R\u HOME/etc/

中的其他文件也可以从

~/.R/

本地重写。我遇到了一个非常类似的问题

对我来说，有效的方法是定义一个项目目录（rstudio可以为您这样做），然后添加一个

.Renviron

文件，该文件修改路径和LD_LIBRARY_路径，以将目录包含在新的gcc中。 例如，在您的情况下，

.Renviron

将类似于：

LD_LIBRARY\u PATH=/usr/local/bin/gcc/lib:/usr/local/bin/gcc/lib64:/usr/local/bin/gcc/libexec:

其他路径

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PATH=/usr/local/bin/gcc/bin:/usr/local/bin:

其他路径

查看

configure.args

部分

？install.packages

并将其与例如r源代码树上的

/configure--help

进行比较

您还可以从bash，

CC=clang R CMD INSTALL/path/to/package/source

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HTH

不起作用：导出路径=/usr/bin:${PATH}R CMD安装。。。正在检查gcc/usr/local/bin/gcc-std=gnu99在我的配置中，某些包需要sudo，因此在这些情况下有必要修改Makeconf。你的解决方案有效$R_HOME是/usr/lib64/R/for centos6对于R包（largeViz）安装，即使在添加了CXX变量之后，我们也遇到了问题。除此之外，我们还必须在Makevars文件中配置CXX11变量。像这样的CXX11=g++7您可能需要先

mkdir~/.R

？目录必须存在才能在其中写入文件。谢谢，这解决了我的问题，我使用

CXX14=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++

安装

rstan

软件包。