BASH脚本使用cat更智能

我在多个文件夹中有多个文件

[tiagocastro@cascudo clean_reads]$ ls
11  13  14  16  17  18  3  4  5  6  8  9 

我想制作一个小的bash脚本来连接这些文件：

11]$ ls
FCC4UE9ACXX-HUMcqqTAAFRAAPEI-206_L6_1.fq  FCC4UE9ACXX-HUMcqqTAAFRAAPEI-206_L7_1.fq
FCC4UE9ACXX-HUMcqqTAAFRAAPEI-206_L6_2.fq  FCC4UE9ACXX-HUMcqqTAAFRAAPEI-206_L7_2.fq

但只有L6和L6以及L7和L7

现在我处于基础阶段。我想学习如何更巧妙地执行它，而不是在脚本中重现我可以在终端中执行的命令

---

谢谢大家，谢谢你们帮助我

这不是一项免费的编程服务，但您可以从下一项服务中学到一些东西：

#!/bin/bash
echo2() { echo "$@" >&2; }

get_Lnums() {
        find . -type f -regextype posix-extended -iregex '.*_L[0-9]+_[0-9]+\.fq' -maxdepth 1 -print | grep -oP '_\KL\d+' | sort -u
}

docat() {
        echo2 doing $(pwd)
        for lnum in $(get_Lnums)
        do
                echo cat *_${lnum}_*.fq "> new_${lnum}.all"   #remove (comment out) this line when satisfied
                #cat *_${lnum}_*.fq > new_${lnum}.all #and uncomment this
        done
}

while read -r -d $'\0' dir
do
        (cd "$dir" && docat)   #subshell - don't need cd back
done < <(find . -type dir -maxdepth 1 -mindepth 1 -print0)

#/bin/bash
echo2（）{echo“$@”>&2；}
获取{
find.-type f-regextype posix extended-iregex'.*\u L[0-9]+\u[0-9]+\.fq'-maxdepth 1-print | grep-oP'.\ukl\d+'| sort-u
}
docat（）{
echo2 doing$（pwd）
以美元表示的lnum（获取Lnums）
做
echo cat*.${lnum}.*.fq“>new${lnum}.all”#满意时删除（注释掉）此行
#cat*.${lnum}.*.fq>new${lnum}.all#并取消对此的注释
完成
}
读取-r-d$'\0'目录时
做
（cd“$dir”和&docat）#子shell-不需要回cd
完成<需要澄清：您的意思是文件将被命名为，
xxxxxx\u 1.fq
和
xxxxxx\u 2.fq
，例如，您希望这些文件组合成
xxxxxx.fq
？所有的名字都严格遵循这个模式吗？试一下
cat*\ul6\u*>newL6
和
cat*\ul7\u*>newL7
-或者这里有更复杂的东西？是的，我可以这样做：试一下cat*\ul6\uuU6和cat*>newL7，但是我如何为文件夹中的所有文件做一次呢？我无法摆脱文件夹。我可以这样做：尝试对每个文件夹使用cat\u L6\u>newL6和cat\u L7\u>newL7，但实际上我想学习编写更聪明的bash脚本。你想，对于
clean\u reads
下的每个文件夹，将所有
*L6*
文件合并到一个文件中，并对所有
*L7*
文件执行相同的操作吗？使用
cat
是正确的想法（假设您只有从0到9命名的文件，或者使用填充编号，因为glob将在1之后但在2之前排序10和11，否则）。然后，您只需在
clean_读取的
cat
命令周围的条目上添加一个循环即可。非常感谢。我不想要免费服务，但要学习。谢谢你的指导。