如何使用另一个带有循环的作业提交连续的bash作业

我必须分阶段（使用shapeit软件）处理29条染色体，所以如果a可以发送一个作业给另一个，文件名是相同的，只更改染色体编号，那就太好了。 示例phase.sh

#!/bin/bash
shapeit \
-P chr_1.ped chr_1.map \
--duohmm \
--rho 0.01 \
-O chr_1.phased 

我需要另一份工作叫它

#!/bin/bash
for chr 1...29 
sbatch --phase.sh 
done

---

非常感谢

您的

阶段

脚本可以通过以下方式更改：

#!/bin/bash
shapeit \
-P $1.ped $1.map \
--duohmm \
--rho 0.01 \
-O $1.phased 

#!/bin/bash
for chr in $(seq 1 29)
do
phase.sh chr_$chr
done

你可以这样称呼它：

#!/bin/bash
shapeit \
-P $1.ped $1.map \
--duohmm \
--rho 0.01 \
-O $1.phased 

#!/bin/bash
for chr in $(seq 1 29)
do
phase.sh chr_$chr
done

---

您的

阶段

脚本可以通过以下方式更改：

#!/bin/bash
shapeit \
-P $1.ped $1.map \
--duohmm \
--rho 0.01 \
-O $1.phased 

#!/bin/bash
for chr in $(seq 1 29)
do
phase.sh chr_$chr
done

你可以这样称呼它：

#!/bin/bash
shapeit \
-P $1.ped $1.map \
--duohmm \
--rho 0.01 \
-O $1.phased 

#!/bin/bash
for chr in $(seq 1 29)
do
phase.sh chr_$chr
done

---

假设您可以将第一个脚本更改为

#/bin/bash
沙佩特\
-P“$1”。ped“$1”。地图\
--多姆\
--rho 0.01\
-O“$1”。分期付款

并将其称为

sbatch

（或者这是

phase.sh

？），然后可以使用

{1..29}中的chr的

；做
sbatch--phase.sh“chr_u$chr”
完成

当然，更好的设计可能是更改第一个脚本，在传递的参数上运行循环

chr的

；做
沙佩特\
-P“$chr”.ped“$chr”.map\
--多姆\
--rho 0.01\
-O“$chr”。分阶段
完成

然后像这样称呼它

thatscript chr{1..29}

假设您可以将第一个脚本更改为

#/bin/bash
沙佩特\
-P“$1”。ped“$1”。地图\
--多姆\
--rho 0.01\
-O“$1”。分期付款

并将其称为

sbatch

（或者这是

phase.sh

？），然后可以使用

{1..29}中的chr的

；做
sbatch--phase.sh“chr_u$chr”
完成

当然，更好的设计可能是更改第一个脚本，在传递的参数上运行循环

chr的

；做
沙佩特\
-P“$chr”.ped“$chr”.map\
--多姆\
--rho 0.01\
-O“$chr”。分阶段
完成

然后像这样称呼它

thatscript chr{1..29}

你能澄清脚本的哪一部分发生了变化吗？我不知道如何执行第二个bash作业（for…），在第一个bash作业中，我猜应该是类似于“chr_.ped chr_.map”的内容，而不是“chr_1.ped chr_1.map”，以指示它适用于所有染色体。非常感谢。你能澄清一下脚本的哪一部分发生了变化吗？我不知道如何执行第二个bash任务（for…），在第一个任务中，我想它应该是类似于“chr_.ped chr_.map”的东西，而不是“chr_1.ped chr_1.map”，以表明它适用于所有染色体。非常感谢。关于健壮性，另请参见@tripleee，这取决于，因为目前我们控制的变量引号过多。如果我们谈论可以在输出中获得额外空间的命令，或者带有特殊字符的文件名就可以了。我们有太多的答案，只是假设人们不会使用真实世界的文件名。修复它们通常比添加警告更容易，并教会人们正确使用引号。@tripleee，本讨论的方向是“提出好问题的艺术”：）关于稳健性，另请参见@tripleee，这取决于，因为目前我们控制的变量引号是多余的。如果我们谈论可以在输出中获得额外空间的命令，或者带有特殊字符的文件名就可以了。我们有太多的答案，只是假设人们不会使用真实世界的文件名。修正它们通常比添加警告更容易，并教会人们正确使用引用。@tripleee，本次讨论的方向是“提出好问题的艺术”：