Bash 查找&；替换多个FASTA文件中的多个序列头

这是我的问题（使用Mac OS X）：

我有大约35个FASTA文件，每个文件中有30个序列。每个FASTA文件代表一个基因，它们都包含在每个文件中具有相同序列头的相同个体。标题格式为“############G#种”，数字是非顺序的。我需要遍历每个文件并更改4个特定的标题，同时将输出保持为35个离散文件，与相应的输入文件同名，最好将输出保存到单独的子目录中

例如：每个文件都包含一个“6934_Sergia_sp”，我需要更改 所有35个文件中该名称的每个实例都是“6934_R_robusta”。我需要对“8324_Sergestes_sp”执行相同的操作，将每个文件中的每个实例都更改为“8324_P_vigilax”。冲洗并用不同的标题重复2次。更改标题后，我需要有35个离散的输出文件，其名称与相应的输入文件相同

到目前为止，我发现最有希望的是以下链接：

使用以下脚本：

  find /home/user/directory -name \*.c -exec sed -i "s/cybernetnews/cybernet/g" {} \;

更改信息以满足我的需要，我得到如下脚本：

find Path/to/my/directory -name \*.fas -exec sed -i 's/6934_Sergia_sp/6934_R_robusta/g' {} \;

像这样运行脚本，我得到了“undefined label”错误。经过研究,，

我发现我应该在-I giving之后添加“.fas”：

find Path/to/my/directory -name \*.fas -exec sed -i '.fas' 's/6934_Sergia_sp/6934_R_robusta/g' {} \;

因为在Mac上，您需要为输出文件指定扩展名。像这样运行脚本，我得到了非常接近我想要的结果，每个输入文件都被复制，每个文件中正确的头被正确地替换为新名称，输出被放在同一个目录中。但是，一次只替换一个头，输出文件的扩展名为.fas.fas

接下来，我将不得不重命名输出文件以删除扩展名中的第二个“.fas”，并重写和重新运行脚本3次，以使所有内容都按我所希望的方式更改，这虽然不是世界末日，但肯定不是理想的

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是否可以设置一个脚本，以便我可以同时运行所有4个替换，同时将输出导出到新的子目录

你的方法很好，但我更喜欢更详细的方法，这样我就不必太多地使用引号了。比如：

for fasta in $(find Path/to/my/directory -name "*.fas")
do
    new_fasta=$(basename $fasta .fas).new.fas
    sed 's/6934_Sergia_sp/6934_R_robusta/g; s/Another_substitution/Another_result/' $fasta > $new_fasta
done

在这里，您输入要循环的FastA文件列表，计算一个新的FastA名称（和位置，如果需要），最后在输入上运行

sed

，并将输出保留在一个新文件中。注意，您可以在

sed

中提供多个替换，用分号分隔

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顺便说一句，正如@Ed Morton所说，对于下一个问题，请包括问题的简明描述、样本输入和预期输出。

您的问题包括简明的、可测试的样本输入和预期输出。Mac

sed

将接受

sed-i''s/../../'文件（即两个单引号），若要指示没有备份文件，只需覆盖现有文件。祝你好运。谢谢你的建议。我试过了，但是我收到了一条错误消息：“sed:1:“s/6934_Sergia_sp/6934_R…”：命令代码无效。它创建了新的fasta文件，但它们是空的。我试着加入我的脚本，但我能想出如何格式化我的帖子，使它不是一个巨大的文本块。话虽如此，你能想一个我得到这个信息的原因吗？谢谢你的主意。用于替换的
sed
命令的格式为
s/original/substituded/
，您可以用分号分隔一组命令。你写的正是我的命令吗？你能给我完整的错误信息吗？你应该把你的代码放在原始问题中，这样每个人都可以看到它并帮助你。