Bash 如何使用qsub向集群提交cat命令并正确使用管道

我想使用qsub动态地向集群提交几个“cat作业”。目前，我正在使用cat将多个文件连接到命令末尾的单个文件（使用

>output\u file

）。 问题是qsub将命令中的>output_文件作为qsub的一部分，将作业日志放在那里，而不是cat输出

qsub -b y -cwd -q bigmem cmd1

其中

cmd1

看起来像：

cat file1 file2 filen > output_file

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当作业通过pbs运行时，stdout被重定向到作业的输出文件，因此执行此操作的方法是编写脚本：

#!/bin/bash
cat file1 file2 ... filen

您不需要将输出重定向到文件，因为mom守护进程将在设置作业时为您执行此操作，您只需要使用-o指定所需的输出文件。例如，如果您将上面的脚本命名为script.sh（确保它是可执行的），您将提交：

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qsub script.sh-b y-q bigmem-o输出文件

如果您的代码是一次性的，则可以使用

echo

：

echo "cat file1 file2 ... filen > outfile" | qsub -cwd <options>

echo“cat file1 file2…filen>outfile”| qsub-cwd

您的意思是想通过qsub将文件1和文件2作为单个作业脚本文件提交吗？不，我想使用cat连接所有文件（文件1到文件n），并将其存储在另一个文件中。我要用大文件做几百次。这就是我使用集群的原因。

cat

的关键在于它连接了许多文件。将单个文件的内容打印到

stdout

是

cat

的常见用法。因此，您的命令应该是

cat file1 file2。。。文件名

。